Het rapport over de Affaire Khan wordt door de regering gepubliceerd. Nog steeds wordt geprobeerd de affaire te bagatelliseren: “De werkgroep heeft niet onomstotelijk kunnen vaststellen dat dr. ir. A.Q. Khan, al dan niet met behulp van anderen, geheime UC-gegevens opzettelijk onder zich heeft genomen en/of heeft medegedeeld aan of het ter beschikking heeft gesteld van een buitenlandse mogendheid.“ Al is het, wordt wel meteen gesteld, “aannemelijk dat Pakistan via Khan in het bezit is kunnen komen van gevoelige kennis op het gebied van de verrijkingstechnologie“ en heeft dat Pakistan ‘aanzienlijke tijdwinst’ opgeleverd bij het opzetten van een proefverrijkingsfabriek. De Kamer krijgt echter een gekuiste versie van het geheime rapport van de interdepartementale werkgroep uit oktober 1979, blijkt in 2005 als het VPRO-onderzoeksprogramma Argos het rapport openbaar maakt. Het ambtelijke rapport meldde al in juli 1979 dat Khan op delen van de zeer geavanceerde 4M centrifugetechnologie de hand heeft weten te leggen. De openbare rapportage aan de Kamer rept echter met geen woord over de 4M en is bovendien meer dan terughoudend in het benoemen van wat Khan wel aan kennis en kunde vanuit Nederland naar Pakistan zou kunnen hebben meegenomen. In februari 1981, wordt door justitie meegedeeld dat er tegen een Khan een strafrechtelijk onderzoek zal worden ingesteld. Er wordt geen arrestatiebevel uitgevaardigd omdat uitlevering toch niet mogelijk is. Ook tegen twee bedrijven (Van Doorne’s Transmissie uit Tilburg en FDO uit Amsterdam, en onderneming van VMF/Stork) wordt een vooronderzoek gestart.

Rapport van de Interdepartementale werkgroep belast met het onderzoek ’de zaak Khan’

Eerst terug naar 28 mei 1998, als, vijftien dagen nadat India een kernproef uitvoerde, aartsvijand en militaire dictatuur Pakistan kernwapens test. Khan, die in 1986 al is bevordert tot hoofd van het Pakistaanse atoombureau, wordt de ‘vader van de Pakistaanse atoombom’ genoemd en is een volksheld. Het blijkt dat Khan nog steeds voor miljoenen guldens bestellingen plaatst in Nederland, voornamelijk via Slebos. Sinds kort wordt er strenger gecontroleerd en op het moment van de kernproef staan er op Schiphol drie zendingen voor Pakistan te wachten. Als naar aanleiding van de kernproef de Nederlandse media weer over de affaire Khan publiceert probeert Urenco Almelo- woordvoerder het te bagatelliseren en zegt dat “veel van de verhalen zwaar overdreven zijn. Zover we weten heeft hij nooit de hand kunnen leggen op enige informatie.”
Op 20 januari 2004 geven de ministers Bot (BuZa) en Brinkhorst (EZ) toe dat het bij de in Iran gevonden verrijkingstechnologie, zou gaan om “Urenco-technologie uit de jaren zeventig,” hoewel het de regering niet duidelijk is “hoe Iran de betreffende technologie heeft kunnen verkrijgen.” Ook geeft men toe dat “er inmiddels aanwijzingen“ zijn dat dezelfde technologie aanwezig is in Pakistan, Noord-Korea en Libië.
Het wordt dan steeds duidelijker dat Khan de spil is in een netwerk dat verrijkingstechnologie verkoopt aan andere landen. Begin februari 2004 bekent Khan dat hij tussen 1986 en 1993 nucleaire technologie heeft verkocht aan Noord-Korea, Libië en Iran. Hij moet op het matje komen bij de generaals, wordt ontslagen en krijgt huisarrest, wat voor de president als bijkomend voordeel heeft dat hij niet gehoord mag worden door de VS of IAEA over ‘zijn’ nucleaire deals. In mei 2004 besluit het OM Slebos te vervolgen.
In januari 2005 komt het Vpro-programma Argos met de onthulling dat al in juli 1979 bekend was dat Khan tussen ‘72 en ‘75 bij FDO in Amsterdam de toen uiterst geavanceerde 4M-centrifuge technologie heeft kunnen kopiëren. Dat blijkt uit het geheime rapport van de ambtelijke onderzoeksgroep over de zaak Khan, waarvan het radioprogramma een kopie heeft. De Kamer kreeg in februari 1980 een zeer gekuiste versie van dat rapport waarin met geen woord gerept werd over de 4M-technologie. De centrifuges die in Iran en Libië zijn aangetroffen zijn op de 4M gebaseerd en hebben dus een “Nederlandse vingerafdruk.” Toch heeft minister van BuZa Bot recent nog gezegd dat aan het in februari 1980 aan de Kamer gestuurde rapport “ook nu, 24 jaar later, niets toe te voegen valt.” Daarmee heeft de regering 24 jaar cruciale informatie achter gehouden.
In augustus 2005 wordt door oud-premier Lubbers (weer in Argos) gezegd dat de CIA in de jaren ‘70/’80 druk uitoefende op Nederland om Khan niet eerder te arresteren en in 1985 niet opnieuw te dagvaarden: “het laatste woord in dergelijke zaken ligt toch altijd in Washington.” In februari was nog ontkend dat de CIA enige rol speelde. In september blijkt vervolgens dat het strafdossier bij het archief van de rechtbank in Amsterdam niet meer te vinden is: kwijtgeraakt “mogelijk door de CIA“ zegt de vice-president van de rechtbank: “er raakt hier niet zo maar iets weg.” Donner (Justitie) concludeert later dat het dossier weggeraakt is “zonder de hulp van de CIA“.