Al vanaf oktober 2001 verschijnen er regelmatig berichten over misstanden, onrust onder het personeel, en mededelingen van een klokkenluider dat er bij de HFR met veiligheidsvoorschriften wordt gesjoemeld. Minister Pronk zei op 3 januari naar aanleiding daarvan, dat er weliswaar “interne Veiligheidstechnische Specificaties“ niet zijn nageleefd (en dat ze dat niet gemeld hebben aan de KFD), maar dat de vergunning van de HFR in het kader van de Kernenergiewet nooit is overtreden. Pronk constateert wel dat de veiligheidscultuur en de bedrijfssfeer verziekt zijn en gelast een onderzoek van de KFD.
Op 1 februari kopt het Noordhollands dagblad op de voorpagina 'Scheur in vat kernreactor Petten' . De ‘historische scheur’ zoals die genoemd wordt is 4 cm lang en 2 cm diep. Het schijnt dat de scheur een lasfout is die vanaf de installatie van het vat in 1984 aanwezig is, maar nu groter lijkt te zijn geworden. Interim directeur Schatborn komt in het NOS journaal uitleggen hoe het zit met de scheur en wijst daarbij een totaal verkeerde plaats aan.
Op 3 februari wil Pronk dat de HFR tijdelijk stil gelegd wordt. Niet omdat er “daadwerkelijk een onveilige situatie bestaat,” maar om het bedrijf de tijd te geven de veiligheidscultuur te verbeteren. De directie voelt daar niets voor, maar legt de reactor toch op 18 februari stil.