Nadat Khan in eerste instantie op 14 november 1983 bij verstek tot 4 jaar cel wordt veroordeeld wegens de poging geheime gegevens over centrifugetechnologie te bemachtigen, wordt hij nu in hoger beroep wegens een vormfout vrijgesproken: het is onduidelijk of hij de dagvaarding heeft ontvangen. Het OM beslist in juni 1986, dat hij niet opnieuw vervolgd gaat worden; de feiten zijn te lang geleden en daarom verliest een nieuwe strafvervolging “opportuniteit.“ Hij wordt wel tot persona non grata veroordeeld, maar blijft ook daarna Nederland clandestien bezoeken en krijgt ook minstens 3 keer officieel ‘op humanitaire gronden’ toestemming om Nederland te bezoeken. Zo wordt hij in december 1988 aangehouden en het land uitgezet.
Ondertussen zijn Van Doorne’s Transmissie en FDO in respectievelijk september en november 1984 vrijgesproken. In september 1987 komt FDO opnieuw onder vuur als bekend wordt dat 2 Tsjechische stagiaires vanaf 1968 ook toegang gehad kunnen hebben tot al het geheime ultracentrifuge onderzoek. Op 2 juli 1985 wordt Khan’s Nederlandse zakenpartner en vriend Slebos tot 12 maanden cel veroordeelt wegens illegale uitvoer en hulp aan het Pakistaanse atoomprogramma.