Op 24 oktober 2013 begint NRG eindelijk met het afvoeren van het historisch afval. Het historisch afval is het afval van de HFR dat in het verre verleden opgeslagen is in vaten in de zgn. pluggenloods (Waste Storage Facility). Bij eerdere pogingen dat op te ruimen kwam men erachter dat vaten kapot zijn en zijn gaan lekken, waarna NRG stopte met de opruimwerkzaamheden. Maar nu gaat het toch beginnen. Het afval moet eerst naar stralingsniveau worden gesorteerd, gescheiden en opnieuw worden verpakt. Het laagactief afval wordt verpakt in transportcontainers en gaat direct naar Covra. Voor het overige niet-laagradioactieve materiaal heeft NRG een nieuwe installatie gebouwd. Vanuit deze beladingsunit gaat het afval naar een gespecialiseerde firma in het buitenland die het radioactief materiaal zal samenpersen om het volume te verkleinen en het daarna in cement giet. De Covra heeft wel zo'n pers-installatie maar alleen voor laag-aktief afval. De transporten naar de Covra zullen tot eind 2017 duren.
Al in 1996 werd duidelijk dat van een aantal vaten in de zogenoemde pluggenloods op het terrein in Petten (officieel: Onderzoekslocatie Petten –OLP) de verpakking gecorrodeerd was en omstreeks die tijd is ook tijdens een publieksavond aan omwonenden beloofd dat het hoogradioactief afval zo spoedig mogelijk naar Covra zou worden afgevoerd. In 2003 kwam de HABOG (de speciale inrichting bij Covra) voor het ontvangen van hoogradioactief afval gereed. Maar pas in 2012(!) gaat ECN/NRG op aandringen van de overheid een “Plan van aanpak” opstellen om het hoogradioactieve afval af te voeren. In septembrr 2012 wordt, in verband met de financiële situatie bij NRG, ook nog 25 miljoen euro door de overheid ter beschikking gesteld voor die afvoer.
Op 26 september 2012 is de definitieve vergunning gepubliceerd. Die is op een aantal belangrijke punten gewijzigd ten opzichte van het ontwerp daarvan. Een van de aanpassingen is dat de termijn waarop het afval moet zijn afgevoerd met 1 jaar is verlengd tot en met 31 december 2017.