De regering wijzigt de vergunning van de kerncentrale Borssele. Er wordt een sluitingsdatum in de vergunning vastgelegd: uiterlijk 31 december 2003 moet de centrale dicht. Op 19 januari 1999 gaan de Stichting Borssele 2004+, het KIVI (Koninklijk Instituut Voor Ingenieurs) en enkele werknemers van de kerncentrale in beroep tegen de vergunningswijziging.

Een maand nadat het kabinet heeft laten weten dat het niet zal zorgen voor vervangend werk voor banenverlies door de sluiting van Borssele, omdat Zeeland sterk genoeg is dat zelf op te vangen, vernietigt de Raad van State de wijziging van de vergunning (sluiting op 31-12-2003) van de kerncentrale op procedurele gronden. De Afdeling bestuursrechtspraak stelt dat de intrekking van de vergunning per 31-12-03 door de regering onvoldoende gemotiveerd is. Er gloort hoop voor de voorstanders van kernenergie. De EPZ had zelf geen bezwaar aangetekend, men voelde zich gebonden aan het akkoord met het kabinet, maar inmiddels is er sprake van “voortschrijdend inzicht“ en men voelt er niets voor de centrale te sluiten. De nieuwe elektriciteitswet van 1998 geeft de stroombedrijven beduidend meer macht dan vroeger en heeft de politiek veel zeggenschap ontnomen. Er gelden nu de regels van de Europese markt.
Ministers reageren luchtig: het gaat om een formele afwijzing waar wel een mouw aan te passen zal zijn. Juristen van VROM zijn onmiddellijk aan het werk getogen om, overeenkomstig het kabinetsbeleid, de centrale alsnog buiten bedrijf te kunnen stellen, laten ze weten. De politiek laat in een reactie weten aan sluiting vast te houden, er is nog steeds een kamermeerderheid: PvdA, D66, GroenLinks, RPF en SP. De VVD komt met de verwachting dat de Nederlandse Staat misschien wel een schadeclaim (“die in de miljarden loopt”) te wachten staat als er nu nog tot sluiting per 31-12-03 wordt besloten. EPZ wil al met het Rijk overleggen wat er moet gebeuren met het afval als de centrale langer openblijft, omdat het opwerkingscontract eind 2003 afloopt. Stoppen met opwerken kan een optie zijn, maar wie betaald dan de opslagbunker?

Na diverse eerdere keren overwogen is de EPZ op 8 juli 2010 toch gestart met de vergunningsaanvraag voor het gebruik van MOX-brandstof in de kerncentrale.
Op 9 maart 2011 legt de Minister van Economische Zaken, Landbouw en Innovatie (EL&I) de ontwerpbeschikking ‘Brandstofdiversificatie Kerncentrale Borssele’ op grond van de Kernenergiewet (Kew) ter inzage gelegd en op 24 juni komt de definitieve vergunning.
Door die vergunning is het EPZ toegestaan om in de kerncentrale Borssele MOX en ook (c)-ERU te gebruiken. MOX is een mengsel van uranium en plutonium en (c)-ERU is gecompenseerd verrijkt opgewerkt uranium. Om gebruik van (c)-ERU te maken moet de maximale verrijkingsgraad verhoogd worden. Door de storende werking van U-236 die in het opgewerkt uranium aanwezig is en dat werkt als een neutronenvanger, moet er meer splijtbaar uranium aanwezig zijn om de zelfde energie op te wekken. De maximaal toegestane verrijkingsgraad (het percentage splijtbaar U-235) wordt verhoogd naar 4,6%. Doordat plutonium een aantal kernfysische eigenschappen heeft die anders zijn dan uranium-235, worden de veiligheidsmarges door de inzet van MOX kleiner. Door de inzet van MOX en (c)-ERU neemt de stralingsbelasting van werknemers toe, nemen de tritiumlozingen toe, nemen de proliferatiegevaren toe, etc. en zo verder. Maar de minister heeft er geen probleem mee.
Op 13 februari 2013 veegt de Raad van State het beroep van Greenpeace van tafel: “mox-splijtstof levert slechts een onbeduidende verhoging van de veiligheids- en gezondheidsrisico´s op”.