Het rapport over de Affaire Khan wordt door de regering gepubliceerd. Nog steeds wordt geprobeerd de affaire te bagatelliseren: “De werkgroep heeft niet onomstotelijk kunnen vaststellen dat dr. ir. A.Q. Khan, al dan niet met behulp van anderen, geheime UC-gegevens opzettelijk onder zich heeft genomen en/of heeft medegedeeld aan of het ter beschikking heeft gesteld van een buitenlandse mogendheid.“ Al is het, wordt wel meteen gesteld, “aannemelijk dat Pakistan via Khan in het bezit is kunnen komen van gevoelige kennis op het gebied van de verrijkingstechnologie“ en heeft dat Pakistan ‘aanzienlijke tijdwinst’ opgeleverd bij het opzetten van een proefverrijkingsfabriek. De Kamer krijgt echter een gekuiste versie van het geheime rapport van de interdepartementale werkgroep uit oktober 1979, blijkt in 2005 als het VPRO-onderzoeksprogramma Argos het rapport openbaar maakt. Het ambtelijke rapport meldde al in juli 1979 dat Khan op delen van de zeer geavanceerde 4M centrifugetechnologie de hand heeft weten te leggen. De openbare rapportage aan de Kamer rept echter met geen woord over de 4M en is bovendien meer dan terughoudend in het benoemen van wat Khan wel aan kennis en kunde vanuit Nederland naar Pakistan zou kunnen hebben meegenomen. In februari 1981, wordt door justitie meegedeeld dat er tegen een Khan een strafrechtelijk onderzoek zal worden ingesteld. Er wordt geen arrestatiebevel uitgevaardigd omdat uitlevering toch niet mogelijk is. Ook tegen twee bedrijven (Van Doorne’s Transmissie uit Tilburg en FDO uit Amsterdam, en onderneming van VMF/Stork) wordt een vooronderzoek gestart.

Rapport van de Interdepartementale werkgroep belast met het onderzoek ’de zaak Khan’