Het rapport over de Affaire Khan wordt door de regering gepubliceerd. Nog steeds wordt geprobeerd de affaire te bagatelliseren: “De werkgroep heeft niet onomstotelijk kunnen vaststellen dat dr. ir. A.Q. Khan, al dan niet met behulp van anderen, geheime UC-gegevens opzettelijk onder zich heeft genomen en/of heeft medegedeeld aan of het ter beschikking heeft gesteld van een buitenlandse mogendheid.“ Al is het, wordt wel meteen gesteld, “aannemelijk dat Pakistan via Khan in het bezit is kunnen komen van gevoelige kennis op het gebied van de verrijkingstechnologie“ en heeft dat Pakistan ‘aanzienlijke tijdwinst’ opgeleverd bij het opzetten van een proefverrijkingsfabriek. De Kamer krijgt echter een gekuiste versie van het geheime rapport van de interdepartementale werkgroep uit oktober 1979, blijkt in 2005 als het VPRO-onderzoeksprogramma Argos het rapport openbaar maakt. Het ambtelijke rapport meldde al in juli 1979 dat Khan op delen van de zeer geavanceerde 4M centrifugetechnologie de hand heeft weten te leggen. De openbare rapportage aan de Kamer rept echter met geen woord over de 4M en is bovendien meer dan terughoudend in het benoemen van wat Khan wel aan kennis en kunde vanuit Nederland naar Pakistan zou kunnen hebben meegenomen. In februari 1981, wordt door justitie meegedeeld dat er tegen een Khan een strafrechtelijk onderzoek zal worden ingesteld. Er wordt geen arrestatiebevel uitgevaardigd omdat uitlevering toch niet mogelijk is. Ook tegen twee bedrijven (Van Doorne’s Transmissie uit Tilburg en FDO uit Amsterdam, en onderneming van VMF/Stork) wordt een vooronderzoek gestart.

Rapport van de Interdepartementale werkgroep belast met het onderzoek ’de zaak Khan’

Nadat Khan in eerste instantie op 14 november 1983 bij verstek tot 4 jaar cel wordt veroordeeld wegens de poging geheime gegevens over centrifugetechnologie te bemachtigen, wordt hij nu in hoger beroep wegens een vormfout vrijgesproken: het is onduidelijk of hij de dagvaarding heeft ontvangen. Het OM beslist in juni 1986, dat hij niet opnieuw vervolgd gaat worden; de feiten zijn te lang geleden en daarom verliest een nieuwe strafvervolging “opportuniteit.“ Hij wordt wel tot persona non grata veroordeeld, maar blijft ook daarna Nederland clandestien bezoeken en krijgt ook minstens 3 keer officieel ‘op humanitaire gronden’ toestemming om Nederland te bezoeken. Zo wordt hij in december 1988 aangehouden en het land uitgezet.
Ondertussen zijn Van Doorne’s Transmissie en FDO in respectievelijk september en november 1984 vrijgesproken. In september 1987 komt FDO opnieuw onder vuur als bekend wordt dat 2 Tsjechische stagiaires vanaf 1968 ook toegang gehad kunnen hebben tot al het geheime ultracentrifuge onderzoek. Op 2 juli 1985 wordt Khan’s Nederlandse zakenpartner en vriend Slebos tot 12 maanden cel veroordeelt wegens illegale uitvoer en hulp aan het Pakistaanse atoomprogramma.

Nadat er sinds 1981 al over gesproken wordt, is het nu eindelijk zo ver: Urenco, UCN Nederland en de Nederlandse Staat staan in Den Haag voor de rechter wegens ‘heling’ van uranium uit het door apartheidstaat Zuid-Afrika bezette Namibië. Op 14 juli heeft de VN Raad voor Namibië de dagvaarding bekend gemaakt. Op 1 september, de eerste zittingsdag, wordt het proces meteen verdaagd tot 1 december om de gedaagden de tijd te geven hun verweer op te stellen. Maar op 1 december wordt het vervolgens meteen verdaagd tot 3 mei 1988. De kern van het (schriftelijke) verweer van de Staat is dat niet aan te tonen is dat het uranium bij Urenco in Almelo afkomstig is uit Namibië en dat Nederland dus niet verweten kan worden dat het onrechtmatig grondstoffen uit het door Zuid-Afrika bezette land laat verwerken. De mondelinge behandeling van de zaak is op 6 juni 1989. De repliek van de Raad voor Namibië: de Nederlandse Staat kan op grond van overeenkomsten afleiden waar het uranium van afkomstig is; een bank die gestolen geld ontvangt kan zich niet verweren met het argument dat aan het geld niet te zien is dat het gestolen is.

Het eerste transport sinds jaren uit de kerncentrale Borssele naar de opwerkingsfabriek in La Hague vertrekt, maar niet onopgemerkt. ‘s Morgensvroeg lukt het zes activisten om op de koepel van de kerncentrale te klimmen. Maar dat kan het transport niet hinderen. Eerst een traject van 2 kilometer over de weg naar een rangeerterrein waar de container op de trein wordt geladen. Andere activisten die zich aan de rails hebben vastgemaakt lukt het ‘s middags wel om het transport op te houden. Maar uiteindelijk zorgt de enorme politiemacht ervoor dat het Nederland kan verlaten: totaal 22 arrestaties. Ook in Frankrijk zijn nog acties tegen het transport. Op 8 februari stemt de gemeenteraad van Borssele in met een noodverordening voor grote gebieden van de gemeente in verband met de transporten Het verst gaat art. 6: “Het is een ieder, die blijkens gedrag, kleding, uitingen of andere feiten en omstandigheden kennelijk wil deelnemen aan een blokkade van het transport verboden zich te begeven binnen het in artikel 2 bedoelde gebied.” Op 22 februari verbiedt de rechtbank in Middelburg Greenpeace actie te voeren tegen de transporten. Andere groepen roepen daarna op juist rond de transporten van zich te laten horen.