Euratom, de eigenaar van de HFR in Petten, is door de regering behoed van strafvervolging voor het op grote schaal overtreden van milieuwetgeving. Dit blijkt uit interne documenten van het Ministerie van Justitie waarover De Volkskrant publiceert. Na een grootscheepse politie-inval in Petten in september 2003 werd er gesproken over 'Oost-Europese' toestanden met betrekking tot naleving van de wetgeving. Het OM wil Euratom graag vervolgen, maar Euratom is een onderdeel van de Europese Commissie en Buitenlandse Zaken vreest een diplomatiek conflict. Het OM is gedwongen de strafzaak tegen Euratom te laten vallen, nadat minister Bot (BuZa) persoonlijk verklaarde dat Euratom ('net als ambassadeurs') over immuniteit beschikt en niet strafrechtelijk vervolgd kan worden.
Drie andere bedrijven op het terrein (ECN zelf, NRG en Mallinkcrodt) zullen wel aangeklaagd worden, maar gaan zich beroepen op het gelijkheidsbeginsel, waardoor een aantal aanklachten ws. zullen vervallen meldt de krant. Het OM spreekt nu van een 'vrijplaats' en van een schandaal dat Euratom in Nederland niet vervolgd kan worden.
Een paar dagen later doet Greenpeace aangifte tegen Euratom en wil vervolging: “Ook Euratom moet zich aan de Nederlandse milieuregels houden, en wanneer dat niet gebeurt moet ook Euratom daarvoor worden gestraft,” schrijft ze in haar persbericht. “Structurele verbeteringen zijn alleen mogelijk door alle bedrijven direct verantwoordelijk te stellen voor milieuovertredingen.“