Nadat in augustus de Raad van State besluit dat de in allerijl afgegeven vergunning geldig is, maakt NRG begin september bekend dat op 20 september het eerste transport naar de Covra plaats zal vinden van HFR-brandstof. Het Amerikaanse Nuclear Control Institute wijst op het feit dat in september een schip met nucleair afval van Europa naar de Verenigde Staten vertrekt waar het Nederlandse afval op had kunnen zitten. Maar de NRG zegt dat praktische problemen dat onmogelijk maken, bijvoorbeeld dat de transportcontainers niet in de VS gecertificeerd zijn (iets wat ze overigens al jaren weten). De directeur van NRG, Versteegh, laat later weten dat de belangrijkste redenen de kosten zijn: door de contracten met de Covra moet ook als het afval naar de VS gaat, de Covra betaald worden.
Zo’n 25 activisten (voornamelijk van de SP) proberen op 20 september op de snelweg bij Rilland (Zeeland) het transport te blokkeren. Maar de enorme overkill aan politie sluit de groep demonstranten op de parkeerplaats naast de snelweg in, op het moment dat het transport in de buurt komt. Tot begin november volgen nog 3 transporten.

De burgemeester van Borsele stuurt een dag voor de verwachte uitspraak van de rechtbank in Den Bosch over de sluiting van Borssele, een vreemde brief naar verschillende actiegroepen, waarin hij “gezien de situatie waarin we ons sinds dinsdag 11 september bevinden“ (de aanval op de Twin Towers in New York) een dringend beroep doet “om op gepaste, rustige en democratische wijze van uw gevoelens en opvattingen blijk te geven.” Opmerkelijk genoeg heeft de directeur van de kerncentrale Greenpeace de dag ervoor publiekelijk opgeroepen geen ‘commando-achtige’ acties te voeren. Greenpeace reageert verbolgen, “het gevaar gaat uit van de kerncentrale, niet van ons”. Pas twee maanden later, begin november, stopt EPZ met het toelaten van bezoekers in de centrale.

Koningin Beatrix opent de opslag faciliteit voor hoogradioactief afval, de HABOG op het terrein van de Covra in Borssele. Het opvallend oranje geschilderd gebouw (met E=MC₂ op de zijkant) is bedoeld voor de opslag van het afval dat terug komt van de opwerkingsfabrieken waar Borssele en Dodewaard hun splijtstof laten opwerken. Ook de brandstof uit de IRI en HFR zal er opgeslagen worden.

Milieuorganisaties vragen aan de koningin niet te komen en vinden dat er geen reden voor een feestje is: een opslag voor 100 jaar van afval dat 240.000 gevaarlijk blijft kan moeilijk als ‘oplossing’ gezien worden. Verder is het gebouw nu al te klein nu besloten is dat Borssele tot 2013 open blijft, kan er alleen maar opgewerkt afval opgeslagen worden en is juist opwerking enorm vervuilend, en, niet onbelangrijk, wat gebeurt er na die 100 jaar? Ook is er geen opslagmogelijkheid voor het bij de opwerking afgescheiden plutonium.

Eind november komt het eerste transport met hoogactief afval aan van de HFR uit Petten en in mei 2004 wordt het afval dat 4 jaar lang in de loods voor laag- middenactief afval verplaatst naar de HABOG.