Bij deze verkiezingen doen zich grote verschuivingen voor. PvdA en CDA verliezen fors, waardoor de zittende coalitie haar meerderheid verliest. Grote winnaar is verder D66, terwijl ook de VVD flink stijgt. Nieuw zijn de Socialistische Partij (SP) en twee ouderenpartijen. In augustus wordt het kabinet-Kok gevormd, door PvdA, D66 en VVD (‘Paars’). Dit is het eerste kabinet zonder confessionele deelname sinds 1918.
Het CDA is de enige partij die (in haar program) de uitbreiding van kernenergievermogen bespreekbaar wil houden. Van D66 en SGP mogen de bestaande centrales tot het einde van de economische levensduur open blijven, van PvdA en GroenLinks en nieuwkomer SP moeten ook de bestaande centrales dicht. VVD zegt er niets over.

In de Derde Energienota is aangekondigd dat ten minste eens in de vier jaar een energierapport zou verschijnen. In dit eerste Energierapport wordt terug gekeken naar de ontwikkelingen in de afgelopen jaren en worden lijnen uitgezet naar de toekomst.
Na de constatering dat de kerncentrale in Dodewaard reeds gesloten is en dat die in Borssele vervroegd zal worden gesloten (“niet pas in 2007, maar al eind 2003”) stelt het Energierapport: “Daarmee lijkt het hoofdstuk van de opwekking van elektriciteit via kernenergie binnen de Nederlandse context afgesloten.”
Tijdens het debat over het klimaatbeleid bleek op 1 november al dat een grote meerderheid van de Kamer voor het vasthouden aan de sluitingsdatum van Borssele is. Alleen VVD, CDA en SGP bepleiten het langer openhouden.
In het Energierapport gaan maar twee pagina’s over kernenergie, en dan in het kader van de sluiting van Borssele. Wel geeft de minister een vrij rooskleurig beeld van kernenergie, maar zegt ze: “Ik ken de politieke verhoudingen.” Ze zegt dat zelfs als er bij de verkiezingen in 2002 een meerderheid ontstaat die Borssele langer wil openhouden dat te laat is; het verlenen van een vergunning kost te veel tijd om de sluiting terug te draaien: de sluiting “is een gelopen race.”
Na de behandeling van het Energierapport van Jorritsma (EZ, VVD) op 12 december en na afloop van de ministerraad zegt minister-president Kok nog eens dat het kabinet niet van plan is de sluitingsdatum te heroverwegen.
Een half jaar eerder, op 28 juni, had Jorritsma (EZ) ook al aangegeven er niet meer in te geloven als CDA en VVD nog een poging doen om sluiting per 2004 te voorkomen. Jorritsma zegt wel iets te voelen voor het initiatief maar geen poging te gaan doen: ”ik ben het niet gewend aan dode paarden te trekken”, zegt ze.

Bij deze vervroegde verkiezingen, nodig omdat in oktober het kabinet-Balkenende I al is gevallen, blijft het CDA de grootste partij. De PvdA wint flink en herstelt zich zo van het grote verlies in 2002. Grote verliezer is de LPF. De VVD herstelt zich redelijk. De ChristenUnie verliest vrij onverwacht en Leefbaar Nederland verdwijnt uit de Kamer. In mei treedt het kabinet-Balkenende II aan, waarbij de LPF ingeruild wordt voor D66 (die voor het eerst mee doet aan een centrum-rechts kabinet). In november 2006 valt ook dit kabinet. In ‘meedoen, meer werk, minder regels’ het Hoofdlijnenakkoord (regeerafspraak) is over Borssele vastgelegd dat “de kerncentrale zal worden gesloten wanneer de technische ontwerplevensduur (ultimo 2013) geëindigd is”.
Er is weinig verschil met de programma’s een jaar eerder, maar D66 heeft haar standpunt nog verder aangescherpt (“Kernenergie is onacceptabel en daarom moet Borssele dicht”) en zal daar ook nog vaak aan herinnerd worden. LPF vindt dat de “bestaande kerncentrales“ (meervoud? terwijl Borssele al 5 jaar de enig overgebleven kerncentrale is?) zo lang mogelijk opengehouden moeten worden en VVD heeft haar passage van een jaar eerder helemaal geschrapt.

In het Manifest duurzame ontwikkeling en Energierapport pleit het CDA voor kernenergie als "tussenoplossing naar schone energie." De bouw van nieuwe kerncentrales moet daarbij niet uitgesloten worden.
Een "ambitieus en actiegericht beleid" noemen ze het zelf. “Energiebesparing: 2% in 2010 (of zoveel eerder als mogelijk). Burgers en bedrijven aanspreken op energiezuinig consumeren en produceren.” De premier zegt bij de aanbieding: “Kernenergie heeft voor- en nadelen. Het voordeel is dat het schoon is, nadeel is het afval.” Op 5 november zal het CDA-kongres er over beslissen. Een week eerder had Van Geel, (CDA), al een voorschot genomen: hij zegt op een congres van EnergieNed dat kolen, net als kernenergie, een “essentiële rol“ zullen spelen in de transitie naar een duurzame energiehuishouding.