De sluiting van Borssele per 31-12-2003 wordt, zo belooft VVD en ook CDA, inzet van de komende kabinetsformatie. VVD-woordvoerder Te Veldhuis zegt dat het VVD-verkiezingsprogramma volgens berekeningen van het RIVM achterblijft bij die van PvdA, CDA en D66 als het gaat om het terugdringen van de CO2-uitstoot en zegt dat ook dat alleen kan als de centrale langer open blijft. Ook CDA-fractievoorzitter De Hoop Scheffer zegt dat volgens het CDA de centrale open moet blijven.

Nadat in eerste instantie minister De Boer (VROM) ontkent dat er ook sprake is van verhoogde straling op transportcontainers afkomstig uit Nederland, blijkt toch het tegendeel. Vervolgens verbiedt ze alle transporten met Nederlands kernafval naar de opwerkingsfabrieken in Sellafield en La Hague, totdat maatregelen zijn getroffen om de transporten beter te controleren. Uit onderzoek blijkt dat in 1993 bij 1 container uit Borssele en in 1995 bij 2 containers uit Dodewaard een verhoging boven de toelaatbare norm is geconstateerd. Volgens de minister hebben Dodewaard en Borssele haar onvoldoende geïnformeerd over de besmettingen en ze vindt dat een “ernstig gebrek.“ Als de minister de kerncentrales verplicht een lijst op te stellen van de incidenten, blijkt dat er in Borssele maar liefst 10 keer een besmetting heeft plaats gevonden in de afgelopen 10 jaar. Er komt een plicht voor de exploitanten om metingen boven de wettelijk toegestane norm te melden en de nieuwe VROM-minister Pronk staat eind december de transporten weer toe.

De regering wijzigt de vergunning van de kerncentrale Borssele. Er wordt een sluitingsdatum in de vergunning vastgelegd: uiterlijk 31 december 2003 moet de centrale dicht. Op 19 januari 1999 gaan de Stichting Borssele 2004+, het KIVI (Koninklijk Instituut Voor Ingenieurs) en enkele werknemers van de kerncentrale in beroep tegen de vergunningswijziging.

In de Derde Energienota is aangekondigd dat ten minste eens in de vier jaar een energierapport zou verschijnen. In dit eerste Energierapport wordt terug gekeken naar de ontwikkelingen in de afgelopen jaren en worden lijnen uitgezet naar de toekomst.
Na de constatering dat de kerncentrale in Dodewaard reeds gesloten is en dat die in Borssele vervroegd zal worden gesloten (“niet pas in 2007, maar al eind 2003”) stelt het Energierapport: “Daarmee lijkt het hoofdstuk van de opwekking van elektriciteit via kernenergie binnen de Nederlandse context afgesloten.”
Tijdens het debat over het klimaatbeleid bleek op 1 november al dat een grote meerderheid van de Kamer voor het vasthouden aan de sluitingsdatum van Borssele is. Alleen VVD, CDA en SGP bepleiten het langer openhouden.
In het Energierapport gaan maar twee pagina’s over kernenergie, en dan in het kader van de sluiting van Borssele. Wel geeft de minister een vrij rooskleurig beeld van kernenergie, maar zegt ze: “Ik ken de politieke verhoudingen.” Ze zegt dat zelfs als er bij de verkiezingen in 2002 een meerderheid ontstaat die Borssele langer wil openhouden dat te laat is; het verlenen van een vergunning kost te veel tijd om de sluiting terug te draaien: de sluiting “is een gelopen race.”
Na de behandeling van het Energierapport van Jorritsma (EZ, VVD) op 12 december en na afloop van de ministerraad zegt minister-president Kok nog eens dat het kabinet niet van plan is de sluitingsdatum te heroverwegen.
Een half jaar eerder, op 28 juni, had Jorritsma (EZ) ook al aangegeven er niet meer in te geloven als CDA en VVD nog een poging doen om sluiting per 2004 te voorkomen. Jorritsma zegt wel iets te voelen voor het initiatief maar geen poging te gaan doen: ”ik ben het niet gewend aan dode paarden te trekken”, zegt ze.