Nadat in maart 1988 de procedure voor een locatie dichter bij het dorp door de enorme protesten door de gemeente Borsele is stilgelegd, vraagt de Covra nu een vergunning aan voor een verwerkings- en opslagfaciliteit voor al het in Nederland geproduceerde radioactief voor de nieuwe locatie op het industriegebied Sloe. Het gaat om een bouwvergunning, een vergunning krachtens de Kernenergiewet en een vergunning krachtens de Wet Verontreiniging Oppervlaktewateren.
De Covra verwacht in 1989 alle noodzakelijke vergunningen in haar bezit te hebben, zodat uiterlijk 1990 met de bouw begonnen kan worden. Dit gaat dan om het laag- en middelradioactief afval (dat nu nog tijdelijk opgeslagen ligt op het ECN-terrein). Het zal zoveel mogelijk samengeperst en in stalen 200-liter vaten verpakt die in beton gegoten zullen worden. Ook komen er twee ovens voor de verbranding van met radioactiviteit besmette organische vloeistoffen en kadavers. Vanaf 1998, verwacht men nu, zal ook het warmte-producerende hoogradioactief afval terug kunnen komen van de opwerkingsfabrieken.
Twee maanden later zegt een ambtenaar op en conferentie dat “bij de plannen van de Covra ruimte gereserveerd wordt om uiteindelijk 140.000 kubieke meter afval te bergen.“ Dat houdt een toename van kernenergie met 4000 MW in. Bij de voorziening voor hoogactief afval (de HABOG) gaat men uit van minstens 3.000 MW kernvermogen erbij. Dit is tegelijkertijd een van de bezwaren van de milieubeweging: er wordt vooruitgelopen op een beslissing om nieuwe kerncentrales te bouwen. Daarom wil men een COBRA (Centrale Opslag Bestaand Radioactief Afval). Ook is er weinig inzicht in de stralingsrisico’s bij transport en opslag. Maar een belangrijk bezwaar is ook dat de faciliteit buitendijks gebouwd wordt, terwijl bekend is dat verstrekkende klimaatgevolgen er aan komen die gepaard gaan met zeespiegelstijging, overstromingen en vloedgolven.

Als de ECN een vergunning aanvraagt voor de uitbreiding van de opslag van radioactief afval, blijkt dat men helemaal geen Kernenergiewet-vergunning heeft voor de huidige opslag faciliteit. In 1965 is er slechts een hinderwetvergunning afgegeven voor een gebouw voor “opslag van radioactief materiaal”, maar in 1970 toen de kernenergiewet in werking trad, heeft de ECN nooit een nieuwe vergunning aangevraagd. Nu is een uitbreiding van de capaciteit nodig door de productie van molybdeen, waarbij “nogal wat“ (warmteproducerend) radioactief afval ontstaat. Er bestaat op lokaal maar ook op landelijk niveau veel weerstand tegen de uitbreiding voor een Amerikaans commercieel bedrijf: “de winst gaat naar Amerika en wij blijven met het afval zitten.“ Ook vindt EZ dat de tussenopslag (voor 50 jaar) in een bunker op het ECN-terrein niet past in het streven om afvalstromen te scheiden en alles centraal op te slaan bij de Covra. Omdat er nog meer vergunningen verandert moeten worden, besluit ECN een jaar later maar een alles-omvattende ‘complex’vergunning aan te vragen.

Er is weer een gedoogvergunning afgegeven. De ministers van EZ, VROM, SZ en V&W hebben de Covra toestemming gegeven door te draaien hoewel het bedrijf op een aantal onderdelen niet (meer) voldoet aan de in 1989 afgegeven vergunning. Maar de ministers achten het niet wenselijk om de installatie stil te leggen of de “strikt genomen illegale toestand“ stilzwijgend te laten voortduren. De COVRA heeft al wel om een wijziging van de vergunning gevraagd,waarbij de nu gedoogde zaken ‘meegenomen’ zullen worden. Het gaat bij het gedogen o.a. om de opslag van afval dat volgens de vergunning niet opgeslagen mag worden; om meer afval dat verwerkt wordt dan toegestaan en verder blijkt de verwerkingsinstallatie anders uitgevoerd te zijn dan volgens de vergunning zou moeten.

De Raad van State beslist dat hoogradioactief afval uit de HFR tijdelijk opgeslagen mag worden in de gebouwen voor laag- en middenradioactief afval bij de Covra. De Raad van State vindt dat de klagers, w.o. Greenpeace, onvoldoende aan hebben kunnen tonen dat de opslag niet kan.

Greenpeace wees er op dat de MTR-2 containers die gebruikt gaan worden, niet in de VS gecertificeerd zijn. De 400 splijtstofelementen zullen in fases van Petten naar Vlissingen-Oost vervoerd gaan worden. Wanneer Greenpeace in beroep gaat tegen de transportvergunning zegt de landsadvocaat op de zitting eind april dat conversie naar laagverrijkt uranium niets meer uit zal maken: het afval moet hier in Nederland opgeslagen worden. Ook Europa (Euratom) wil dat het afval hier blijft: het heeft namelijk een contract met de Covra afgesloten ter waarde van 90 miljoen gulden. En Covra heeft al met een schadeclaim gedreigd. Minister Pronk stelt het afgeven van de transport-vergunning uit tot oktober, maar zegt dat de HFR in elk geval niet gesloten zal worden, hoewel hij eerder verklaard heeft dat de reactor in juli echt gesloten wordt als er dan geen oplossing is. Hij geeft toestemming splijtstofelementen tijdelijk op te slaan in transportcontainers in het HFR-gebouw. Drie-kwart van de Zeeuwen is tegen de opslag.