Op het terrein van het RCN in Petten wordt de eerste paal geslagen voor een laboratorium van Philips-Duphar waar men radio-isotopen (oa. Molybdeen-99) gaat maken voor medische diagnostiek. Daarmee zijn er drie gebruikers van het terrein: het RCN zelf, het Gemeenschappelijk Centrum Onderzoek (GCO - Euratom) en Philips-Duphar. Daarbij zal het ook lang blijven. In 1969 vraagt en krijgt Philips steun van het rijk als men dreigt de productie stop te zetten.

Al in het wetenschapsbudget 1980 wordt een evaluatie aangekondigd van de HFR “zowel voor het onderzoek in Euratom verband als voor het Nederlandse minimumprogramma“ en die “moet nu tevens gezien worden in het licht van de herprogrammering van het Nederlandse energieonderzoek.“ Nederland wil eigenlijk wel een minder grote bijdrage leveren en even ontstond zelfs de idee dat de HFR wel eens gesloten kan gaan worden. Uit de evaluatie die de ministers van EZ en Wetenschapsbeleid nu publiceren, blijkt dat Nederland maar 33% van de reactorcapaciteit bezet (Duitsland 45 %) en f 17,5 miljoen betaald (aan wat dan het aanvullend Euratom-programma heet) voor energieonderzoek. Maar 79% van het Nederlandse HFR-onderzoek gaat naar kweekreactoronderzoek, 15% naar veiligheidsonderzoek kerncentrales en 6% materiaalonderzoek voor fusiereactoren “De vraag is gerechtvaardigd of een dergelijk aandeel van het energie-onderzoek binnen een budget van f 17,5 mln. bestemd voor ‘energieonderzoek’ niet een heroverweging van dat budget nodig maakt”, schrijven de ministers. Interessant is ook dat ze schrijven dat de productie van medische isotopen het “minst problematische is.“ Het aandeel hiervan in het Nederlandse HFR-gebruik (van 7%) “is meer een gevolg van de aanwezigheid van de reactor dan een reden voor zijn bestaan.“

In de nacht van 26 op 27 november vindt er opnieuw en ongeluk plaats in de HFR. Pas veel later wordt bekend dat er zich om 2 minuten over half een een explosie voordoet, gevolgd door een drukgolf die in het hele reactorgebouw te voelen is. Twee capsules TeO2 (telluriuimoxide) exploderen. Er scheurt een buis volledig open. Een rek en twee experimenten worden volledig vernield. Conform de veiligheidsspecificaties schakelt de reactor zich automatisch uit, maar na uitsluitend een summiere visuele inspectie van het reactorvat 11 minuten later al weer opgestart. Het incident wordt ook niet gemeld aan de Kernfysische Dienst uit vrees voor een startverbod, de KFD komt er na verloop van tijd zelf achter. Mede naar aanleiding hiervan komt er later een meldingsplicht voor dergelijke incidenten. Volgens het Noordhollands Dagblad op 1 februari 2002 komt er “weinig radioactiviteit vrij". In 2002 wordt een scheur in het reactorvat in verband gebracht met deze explosie maar blijkt toch een “historische” lasfout te zijn die er vanaf het begin al zit.

Als de ECN een vergunning aanvraagt voor de uitbreiding van de opslag van radioactief afval, blijkt dat men helemaal geen Kernenergiewet-vergunning heeft voor de huidige opslag faciliteit. In 1965 is er slechts een hinderwetvergunning afgegeven voor een gebouw voor “opslag van radioactief materiaal”, maar in 1970 toen de kernenergiewet in werking trad, heeft de ECN nooit een nieuwe vergunning aangevraagd. Nu is een uitbreiding van de capaciteit nodig door de productie van molybdeen, waarbij “nogal wat“ (warmteproducerend) radioactief afval ontstaat. Er bestaat op lokaal maar ook op landelijk niveau veel weerstand tegen de uitbreiding voor een Amerikaans commercieel bedrijf: “de winst gaat naar Amerika en wij blijven met het afval zitten.“ Ook vindt EZ dat de tussenopslag (voor 50 jaar) in een bunker op het ECN-terrein niet past in het streven om afvalstromen te scheiden en alles centraal op te slaan bij de Covra. Omdat er nog meer vergunningen verandert moeten worden, besluit ECN een jaar later maar een alles-omvattende ‘complex’vergunning aan te vragen.