De KEMA vraagt een aanvulling (lees: wijziging) op de vergunning uit 1957 aan voor kernlab en reactor, en dringt er een half jaar later nogmaals bij de regering op aan nu toch echt een vergunning af te geven. Want, zo zegt de KEMA, de installatie is nu officieel klaar en het niet verlenen van de vergunning zou een zware klap zijn voor de wetenschap en het betrokken personeel, terwijl bovendien de al geïnvesteerde miljoenen "teloor zouden gaan". Deze aanvraag wordt “geheel ten onrechte in behandeling genomen” (zoals de gemeente het in 1972 toe moet geven) want de vergunning van 1957 is al lang verlopen en in 1962 zelfs door minister Veldkamp (SZ) geannuleerd. Maar de ontwikkeling en bouw van de KSTR zijn niet afgerond en gaan gewoon door. In april 1965 laat de minister weten dat hij aanneemt dat er geen bezwaren tegen de bouw van kernlab en testreactor (KSTR) zijn. Dat is een beetje vreemd want in maart zijn er rapporten van de Gezondheidsraad en van de IAEA bekend geworden die beiden nogal wat bezwaren maken tegen de bouw van die installatie op die specifieke plaats (midden in een middelgrote stad). Maar de in het kader van de Hinderwetvergunning benodigde advisering blijft uit.

RCN deelt mee dat ze in het kader van het NERO-project een voorstel voor een prototype scheepsreactor, genaamd Proteus (af en toe ook Nereus genoemd), heeft uitgewerkt en die in Petten (dus op land) wil gaan bouwen. De regering moet dan wel f 20 miljoen op tafel leggen voor de bouw van Proteus, vindt RCN. Aan Philips wordt de opdracht gegeven splijtstofelementen te leveren voor de KRITO-installatie, een kritisch-experiment dat voor de ontwikkeling noodzakelijk is. KRITO is in maart 1963 in gebruik genomen en is eigenlijk een kleine (45 cm hoge) pseudokern van NERO. Als constructiemateriaal voor de elementen wordt niet gekozen voor zirkaloy (wat wel voorzien is in de NERO-reactor) maar voor aluminium omdat dat veel goedkoper is. De splijtstof zelf komt uit het buitenland. Dit is ook het begin van de splijtstofelementenfabricage waarvoor op het terrein van het RCN een ruimte ontstaat die in 1966 klaar zal zijn.

Euratom tekent een contract met Eurochemic voor de opwerking van brandstof uit de HFR in Petten. Het gaat om een contract samen met de BR-2 reactor in Mol in totaal om ongeveer 4000 kg uranium en aluminium. De Eurochemic fabriek in Mol zal in juli in bedrijf komen. Het opwerkingsafval blijft achter in Mol, maar het is onduidelijk wat er met het plutonium gebeurt; het komt in ieder geval niet voor in de opgaves van de Nederlandse regering over plutonium-productie.

Nadat in oktober 1965 een offerte is gevraagd aan Neratoom en de opdracht op 31 december wordt verstrekt, begint op 8 juni de bouw van de ATHENE-reactor aan de zuidrand van het TH complex in Eindhoven. Naar verwachting zal de reactor f 4,5 miljoen kosten.