Nadat in maart 1988 de procedure voor een locatie dichter bij het dorp door de enorme protesten door de gemeente Borsele is stilgelegd, vraagt de Covra nu een vergunning aan voor een verwerkings- en opslagfaciliteit voor al het in Nederland geproduceerde radioactief voor de nieuwe locatie op het industriegebied Sloe. Het gaat om een bouwvergunning, een vergunning krachtens de Kernenergiewet en een vergunning krachtens de Wet Verontreiniging Oppervlaktewateren.
De Covra verwacht in 1989 alle noodzakelijke vergunningen in haar bezit te hebben, zodat uiterlijk 1990 met de bouw begonnen kan worden. Dit gaat dan om het laag- en middelradioactief afval (dat nu nog tijdelijk opgeslagen ligt op het ECN-terrein). Het zal zoveel mogelijk samengeperst en in stalen 200-liter vaten verpakt die in beton gegoten zullen worden. Ook komen er twee ovens voor de verbranding van met radioactiviteit besmette organische vloeistoffen en kadavers. Vanaf 1998, verwacht men nu, zal ook het warmte-producerende hoogradioactief afval terug kunnen komen van de opwerkingsfabrieken.
Twee maanden later zegt een ambtenaar op en conferentie dat “bij de plannen van de Covra ruimte gereserveerd wordt om uiteindelijk 140.000 kubieke meter afval te bergen.“ Dat houdt een toename van kernenergie met 4000 MW in. Bij de voorziening voor hoogactief afval (de HABOG) gaat men uit van minstens 3.000 MW kernvermogen erbij. Dit is tegelijkertijd een van de bezwaren van de milieubeweging: er wordt vooruitgelopen op een beslissing om nieuwe kerncentrales te bouwen. Daarom wil men een COBRA (Centrale Opslag Bestaand Radioactief Afval). Ook is er weinig inzicht in de stralingsrisico’s bij transport en opslag. Maar een belangrijk bezwaar is ook dat de faciliteit buitendijks gebouwd wordt, terwijl bekend is dat verstrekkende klimaatgevolgen er aan komen die gepaard gaan met zeespiegelstijging, overstromingen en vloedgolven.

“Begin dit jaar werd duidelijk dat niet langer gerekend mag worden op afvoer van de gebruikte splijtstofelementen van de onderzoeks-reactoren in ons land naar de VS”, zegt minister De Boer (VROM) en daarom is er door de eigenaar van de HFR een vergunning aangevraagd voor de opslag van hoogradioactieve splijtstof (in transportcontainers) in gebouwen van de Covra voor laag- en middenactief afval. De minister weet nog niet of dat acceptabel is: “een oordeel is pas mogelijk als alle elementen die vereist zijn voor de beoordeling (…) beschikbaar zijn.“ Covra zit in financiële problemen door minder afval dan begroot. Op 15 augustus is er een vergunning aangevraagd voor de bouw van een bunker voor de opslag van hoogradioactief afval (de HABOG). Met de bouw is ongeveer 275 miljoen gulden gemoeid.

Veel later dan gepland, ondertekent minister Wijers (EZ) eindelijk de bouwvergunning voor de HABOG, de opslagbunker voor hoogradioactief afval bij de Covra. De vergunning is het jaar daarvoor wegens vormfouten nog vernietigd door de Raad van State. De Covra reageert zeer opgelucht. De HABOG zou al veel eerder klaar zijn, maar de laatste jaren werd uitgegaan van 2001 omdat dan de opwerkingsfabriek in La Hague zegt het afval terug te sturen. De bunker is niet eerder dan 2003 klaar, dus zal gevraagd moeten worden of de opwerkingsfabrieken (naast La Hague ook Sellafield) het afval later terug willen sturen. Het officiële bouwbegin wordt juni 1999 gevierd, maar is dan feitelijk allang begonnen. De bunker wordt 75 meter lang, 45 breed en 20 hoog en gaat 241 miljoen gulden kosten.

Door een vormfout vernietigt de Raad van State opnieuw de vergunning die minister Pronk (VROM) in december 1999 heeft afgegeven voor het transport van de splijtstof uit de in 1997 stilgelegde kerncentrale Dodewaard (naar de opwerkingsfabriek in Sellafield) en de HFR. Greenpeace die beroep had aangetekend tegen de vergunning, reageert verheugd; over de Dodewaard splijtstof zegt ze: “het lijkt erop dat de minst slechte oplossing –het afval opslaan in een bunker in Borssele- steeds dichterbij komt. Die bunker is in 2003 klaar.” Pronk reageert als de vermoorde onschuld. Hij luidt de noodklok en geeft binnen een week (op 12 juli) voor de HFR een nieuwe transportvergunning af voor het transport naar de Covra die direct van kracht gaat, omdat naar hij verwacht de reactor anders binnenkort moet sluiten wegens gebrek aan opslagruimte en de reactor volgens hem essentieel is voor de productie van medische isotopen. Milieuorganisaties reageren furieus en zeggen dat er alleen maar een commercieel belang is: bedrijven staan in de rij om die productie over te nemen. Medische isotopen die overigens ook op een alternatieve manier geproduceerd kunnen worden, zie factsheet laka.