Nadat het reactorvat en de warmtewisselaar voor de KSTR in 1971 zijn geleverd, werd de bouw van de reactor, vijf jaar later dan gepland, afgerond. Aangekondigd wordt dat de reactor in mei 1972 voor het eerst met verrijkt uranium zal worden beproefd en voor het eerst kritisch zal worden. De KSTR is een grotere versie van de zgn. nulenergie-reactor die van 1956/57 tot ongeveer 1967 in bedrijf is geweest en in 1977 zal worden ontmanteld.
Pas in september ’72 vraagt de KEMA een Kernenergiewetvergunning aa voor “het in werking stellen of kritisch maken van een suspensie test reactor.“ De aanvraag wordt op 14 december door de gemeente Arnhem gepubliceerd. Er zal dan “op een nog nader in de pers aan te kondigen tijdstip“ een hoorzitting volgen. Zowel de KEMA als de regering zeggen dat een hoorzitting niet meer zal zijn dan een ‘voorlichtingsbijeenkomst’ omdat toestemming voor het inwerking stellen al verscholen zou liggen in de Hinderwet vergunning van 1957.
Volgens minister Langman (EZ) is er tot en met 1972 al 96 miljoen gulden uitgegeven aan ‘het project’ KSTR. f 50 miljoen daarvan is opgebracht door de elektriciteitsbedrijven via een directe heffing op de elektriciteitsrekening. Begin september had de KEMA nog met nadruk verklaard de reactor snel op te starten. Later, veel later, wordt bekend (als bijzin in een boek uit 2000) dat er ergens in die periode (ws. in de tweede week van september 1972), bij een poging om de reactor kritisch te maken, de pen van de schrijver (die de neutronen registreert) met een klap in de hoek slaat. De uitschieter is zo sterk dat de Kernfysische Dienst verbiedt door te gaan: er moeten eerst veranderingen aangebracht worden om een herhaling te voorkomen. En voor een prototype (waar nog steeds sprake van is) zal het hele ontwerp nog weer ingrijpend veranderd moeten worden. Men weet eigenlijk dan al dat daar geen geld voor zal zijn en besluit de proefperiode af te maken (1977) en er daarna mee te stoppen. Over het ongeluk wordt niets naar buiten gebracht, Went verklaart dat er “slechts kinderziektes“ zijn. Het is onduidelijk of naar aanleiding hiervan de vergunning is aangevraagd, maar die aanvraag zal grote consequentie hebben (en toch ook weer niet).

In de nacht van 26 op 27 november vindt er opnieuw en ongeluk plaats in de HFR. Pas veel later wordt bekend dat er zich om 2 minuten over half een een explosie voordoet, gevolgd door een drukgolf die in het hele reactorgebouw te voelen is. Twee capsules TeO2 (telluriuimoxide) exploderen. Er scheurt een buis volledig open. Een rek en twee experimenten worden volledig vernield. Conform de veiligheidsspecificaties schakelt de reactor zich automatisch uit, maar na uitsluitend een summiere visuele inspectie van het reactorvat 11 minuten later al weer opgestart. Het incident wordt ook niet gemeld aan de Kernfysische Dienst uit vrees voor een startverbod, de KFD komt er na verloop van tijd zelf achter. Mede naar aanleiding hiervan komt er later een meldingsplicht voor dergelijke incidenten. Volgens het Noordhollands Dagblad op 1 februari 2002 komt er “weinig radioactiviteit vrij". In 2002 wordt een scheur in het reactorvat in verband gebracht met deze explosie maar blijkt toch een “historische” lasfout te zijn die er vanaf het begin al zit.

In 1999 hebben zich in de Nederlandse nucleaire installaties 14 storingen voorgedaan: 8 in Borssele, 1 in de reeds gesloten Dodewaard-centrale. Verder zijn er 5 storingen geweest bij de HFR, Covra en Urenco. Dit blijkt uit het jaarlijkse overzicht over de storingen in de kerncentrales in 1999 van de Kernfysische Dienst publiceert op 18 juli 2000.

Door een enkele alinea in het in november 2009 uitgegeven boek van oud-ECN-directeur Frans Saris (‘Darwin meets Einstein’) krijgt een melding in het Storingsoverzicht van de Kernfysische Dienst over 2001 een heel andere impact. Saris schrijft:
"The nuclear reactor is a research reactor, not a power reactor; it needs electricity to operate, for instance to pump cooling water. The reactor has a back-up cooling system to prevent meltdown of the core in case of a power failure. But this evening the back-up cooling system failed to come into action and the operators did not know what to do. There is an extra safety system by convection cooling for which the operators had to open a valve, but the control room was dark. When they reached for a torch that should have been there, it had been taken away by a colleague to work under his car. Trying their luck the operators put the valve of the convection cooling in what they thought was the 'open' position. But then the lights came back on and the operators discovered they had actually closed the back-up convection cooling system. Had the power failure lasted longer it would have meant meltdown and a major disaster. When I learned about this some months later - they thought they could keep it secret - I did not think I could take responsibility any longer and I resigned from the ECN."
De onthulling krijgt relatief weinig aandacht en de oud-directeur wordt weggezet als een querulant, die de interne richtingenstrijd binnen ECN ('duurzaam of kernenergie') verloor en daarom wraak zoekt.