NRG maakt bekend dat de Hoge Flux Reactor in Petten nog niet opgestart zal worden na een inspectie. Er zijn afwijkingen geconstateerd in het primaire koelwatersysteem: periodiek stroomt er vanuit de leidingwand een gasbellenspoortje in. De bron en de samenstelling van het gas zijn onbekend. Hierdoor wordt de HFR voorlopig nog niet opgestart. In eerste instantie wordt gesteld dat de reactor eind oktober weer opgestart zal worden: "De oplossingsrichtingen zijn door deze inspanning inmiddels teruggebracht tot een overzichtelijk aantal." Maar al snel wordt dat uitgesteld tot eind november. Langzamerhand sijpelt er (ook) meer informatie naar buiten en blijkt de reparatie zo ingewikkeld (de leiding zit in beton onder het reactorvat) dat intern overwogen wordt de reactor voorgoed stil te leggen. Men kiest voor het inbrengen van een huls aan de binnenzijde van de leiding, waardoor als het ware een nieuwe leidingwand ontstaat, maar de reactor zal minstens tot 16 februari 2009 stil liggen, zo wordt midden oktober meegedeeld.

Na ruim een half jaar stil gelegen te hebben, wordt de HFR weer opgestart. Weliswaar zonder de reparatie die nodig is om het gasbellen-probleem in het primaire koelsysteem op te lossen, want dat gaat namelijk te lang duren. Omdat een aantal andere productiereactoren voor medische isotopen deze maand stil gelegd worden voor onderhoud, moet volgens exploitant NRG en ook de (zeven!) verantwoordelijke ministers de HFR weer opgestart worden. Hoewel de reactor "niet voldoet aan de vigerende Kernenergiewetvergunning" omdat "de integriteit van het primaire systeem wordt bedreigd" wordt hiervoor een beschikking afgegeven.
De toestemming tot herstart is geldig tot 1 maart 2010 en er zijn voorwaarden aan verbonden. In de beschikking staat dat als er zich "ontwikkelingen ten aanzien van vraag en aanbod op de wereldmarkt voor medische isotopen voordoen waardoor het bedrijf van de HFR minder noodzakelijk is", de vergunninghouder dat onmiddellijk moet melden. Of de reactor dan weer uit bedrijf gaat is niet duidelijk.
In 2010 zal dan de reparatie, waarbij het beton waar de leidingen inzitten weggehakt moet worden, plaatsvinden.

De Hoge Flux Reactor (HFR) in Petten is na een ingrijpende reparatie aan de koelwaterleiding, die op 19 februari begon, weer in bedrijf genomen. "De reparatie van de aluminium koelwaterleiding die zich in beton bevindt, is gericht op het vernieuwen van een aantal locaties in de leiding waar door corrosie plaatselijk vervormingen zijn waargenomen en in 2008 een bellenspoortje is ontdekt. Voor de reparatie zal het betreffende leidingdeel worden vrijgemaakt door het verwijderen van beton, waarna nieuw leidingmateriaal wordt aangebracht door middel van lassen. Hierna wordt op de leiding een corrosiewerende laag aangebracht."
De Hoge Flux Reactor in Petten is op het moment een belangrijke schakel in de productie van radio-isotopen voor medische doeleinden. Medische isotopen worden ingezet voor diagnostiek, (kanker)therapie en pijnbestrijding. De reactor in Petten produceert 60% van de Europese en 30% van de wereldbehoefte aan deze isotopen. Maar de onderzoeksreactor is ook belangrijk voor nucleaire onderzoeksactiviteiten.

In 2012 hebben zich in de Nederlandse nucleaire inrichtingen 10 ongewone gebeurtenissen voorgedaan die van belang zijn op de nucleaire veiligheid: drie daarvan bij de kerncentrale in Borssele. Bij de overige nucleaire installaties in Nederland waren zeven ongewone gebeurtenissen: 2 in de HFR, 1 in overige NRG-installaties, 1 bij Malinckrodt Medical in Petten, 1 bij de COVRA, 1 bij Urenco en 1 met een transport. Bijzonder is dat er melding wordt gemaakt van 2 zoekgeraakte radioactieve bronnen die verdwijnen tijdens transport naar of in Nederland.

Dit alles blijkt uit het jaarlijkse overzicht van de Kernfysische Dienst over de ongewone gebeurtenissen in de nucleaire installaties in 2012. Het wordt op 9 september 2013 door het Kabinet aan de Kamer gestuurd. Het is waarschijnlijk het laatste jaarlijkse overzicht in deze vorm, want, zo staat te lezen: "Het door de overheid actief informeren van burgers maakt ontwikkelingen door. Er is meer transparantie en er wordt sneller gerapporteerd. Daarom worden sinds begin 2013 de ongewone gebeurtenissen in de nucleaire bedrijven actueel op de website van de ILT geplaatst."