Uit de contracten tussen AREVA (vroegere Cogema) en EPZ over de opwerking van afval uit Borssele blijkt volgens Greenpeace dat de opslag in Frankrijk veel te lang duurt en daardoor illegaal is. De contracten werden aan Greenpeace overhandigd nadat een Franse rechter dat beslist had. Greenpeace heeft jarenlang juridische strijd gevoerd voor het recht deze contracten in te zien. Eerder heeft het Franse Hof van Cassatie geoordeeld dat afval uit de Australische (proef-)reactor Lucas Heights te lang en dus illegaal op het terrein in La Hague opgeslagen ligt. EPZ zegt te verwachten dat de uitspraak “geen directe gevolgen voor de bedrijfsvoering“ heeft en dat het ook “de schuld van Greenpeace“ is dat het daar zo lang ligt opgeslagen. Ook zegt EPZ dat er geen plutonium terug zal komen naar Nederland; het zal verkocht worden voor MOX-productie. Al zijn daar twijfels over: de markt voor MOX-brandstof is niet erg groot en de hoeveelheid plutonium wel. Dat het huidige opwerkingscontract loopt tot 2015, betekent volgens de PvdA ook, dat het met de hoogte van de schadeclaim wel mee zal vallen, mocht de centrale in 2013 dicht gaan. De onderbouwing voor de ‘schadeclaim’-claim is nog steeds geheim.

Tijdens het kamerdebat op 15 mei krijgt het convenant met de EPZ over de sluiting van Borssele in 2033 (al op 10 januari naar de Kamer gestuurd) nog steeds niet de goedkeuring van het parlement. Op 27 april was de stemming in de Kamer niet doorgegaan, omdat er laatste wijzingen waren aangebracht. De parlementsadvocaat concludeert in mei dat de staat onnodig risico loopt op het betalen van een fikse schadevergoeding door een laatste verandering in het convenant. Het nieuwe artikel gaat over opwerking na het huidige contract dat Borssele heeft voor opwerking in La Hague tot 2015. Als een vergunning daarvoor geweigerd zou worden en directe opslag moet volgen is, volgens het artikel, het Rijk verplicht de meerkosten te betalen. “We zien daarvoor geen rechtvaardiging,” schrijft de parlementsadvocaat. Maar CDA laat weten dat dat punt geen reden zal zijn het langer openhouden te blokkeren; het convenant zal daardoor op een meerderheid kunnen blijven rekenen. Van Geel wordt door de Kamer gedwongen dat aan te passen, maar na een telefoongesprek laten EPZ, Delta en Essent weten “geen reden te zien“ om tot aanpassing over te gaan. Vervolgens gaat Van Geel daarmee akkoord. Op 14 juni gaat de Tweede Kamer uiteindelijk in meerderheid akkoord met het convenant en dus met openblijven van de centrale tot 2033 en kan het 2 dagen later ondertekend worden op de Delta-duurzaamheidslezing in Goes.
Een van de architecten van de deal, Wouter van Dieren, zegt in oktober 2007, dat Delta en Essent maar een 'fooitje' van de extra winsten die ze binnenhalen door het langer openblijven van de centrale besteden aan duurzame energie. Volgens Van Dieren, zou het, op grond van wat Essent en Delta verdienen met de uitgestelde sluiting, reëel zijn als ze 1,5 miljard euro (in plaats van 250 miljoen) opzij zouden zetten voor duurzame energie. Van Dieren vindt nu dat de politieke druk te snel wegviel, waardoor er geen hoger bedrag werd uitgesleept.

In 2006 hebben zich in de Nederlandse nucleaire installaties 25 storingen voorgedaan: waarvan 17 in Borssele, 1 bij de ECN, 2 bij de HOR Delft, 4 bij NRG, (w.o. HFR) en 1 bij de verrijkingsfabriek Urenco in Almelo. Dit blijkt uit het jaarlijkse overzicht over de storingen in de nucleaire installaties dat de Kernfysische Dienst publiceerd in oktober 2007.

Het aantal incidenten in Borssele is in 2006 zo toegenomen dat de toezichthouder (de Kernfysische Dienst –KFD) aan de EPZ een brief heeft gestuurd waarin ze daarover haar zorg uit spreekt. EPZ zegt een verbeterproces in gang te hebben gezet, waarvan de resultaten op korte termijn zichtbaar zouden moeten zijn. Minister Cramer antwoord later op Kamervragen, dat het niet de bedoeling was dat de brief waarin de KFD aan de exploitanten vraagt zorg te dragen dat het aantal incidenten afneemt, openbaar zou worden. Ze schrijft ook dat het nog te vroeg is om te stellen dat Borssele niet (meer) aan het convenant over openhouden van de centrale voldoet, omdat daar immers in staat dat de kerncentrale tot de veiligste van de wereld moet behoren.