In 2000 hebben zich in de Nederlandse nucleaire installaties 23 storingen voorgedaan: 12 in Borssele, 4 in de reeds gesloten Dodewaard-centrale. Verder zijn er 7 storingen geweest bij de ECN, HFR, Covra, HOR Delft en Urenco. Dit blijkt uit het jaarlijkse overzicht over de storingen in de kerncentrales in 2000 dat de Kernfysische Dienst publiceert op 12 juni 2001.

De Staat der Nederland is 100 % aandeelhouder geworden in de Covra N.V.. Op 15 april is de overeenkomst getekend met de drie voormalige aandeelhouders; de EPZ (eigenaar van de kernenergiecentrale Borssele), met de GKN (eigenaar van de gesloten kernenergiecentrale Dodewaard), en met het Energieonderzoek Centrum Nederland. Met de overdracht kopen EPZ voor 45 miljoen euro en GKN voor 11 miljoen euro alle kosten af die moeten worden gemaakt voor de opslag van hun hoog radioactief afval nu en in de toekomst. ECN zal de verplichtingen op jaarbasis voldoen. Al in 1996 is de Kamer op de hoogte gesteld van dit voornemen. Er is langer over onderhandeld dan gepland (de intentieverklaring is al in december 2000 getekend), vooral over de zekerheden dat het risico voor Covra en Staat gering is. In 1998 zegt de Covra-directeur dat, nu de bedrijven zich commerciëler op moeten stellen, het logisch is dat ze van de Covra-aandelen afwillen: dan “raken ze een risico kwijt.” Volgens de minister is ook “de geringe rol die kernenergie zal spelen bij de toekomstige elektriciteitsproductie“ een reden. Er ligt een door de Kamer in 2000 overgenomen advies dat de kerncentrales na sluiting aan de Covra moeten worden overgedragen.

Koningin Beatrix opent de opslag faciliteit voor hoogradioactief afval, de HABOG op het terrein van de Covra in Borssele. Het opvallend oranje geschilderd gebouw (met E=MC₂ op de zijkant) is bedoeld voor de opslag van het afval dat terug komt van de opwerkingsfabrieken waar Borssele en Dodewaard hun splijtstof laten opwerken. Ook de brandstof uit de IRI en HFR zal er opgeslagen worden.

Milieuorganisaties vragen aan de koningin niet te komen en vinden dat er geen reden voor een feestje is: een opslag voor 100 jaar van afval dat 240.000 gevaarlijk blijft kan moeilijk als ‘oplossing’ gezien worden. Verder is het gebouw nu al te klein nu besloten is dat Borssele tot 2013 open blijft, kan er alleen maar opgewerkt afval opgeslagen worden en is juist opwerking enorm vervuilend, en, niet onbelangrijk, wat gebeurt er na die 100 jaar? Ook is er geen opslagmogelijkheid voor het bij de opwerking afgescheiden plutonium.

Eind november komt het eerste transport met hoogactief afval aan van de HFR uit Petten en in mei 2004 wordt het afval dat 4 jaar lang in de loods voor laag- middenactief afval verplaatst naar de HABOG.

Nu Borssele tot 2013 open mag blijven, en er dus een beslissing genomen moet worden over het verlengen van het opwerkingscontract, moet ook de minister toegeven dat dat eigenlijk iets is waar de Regering niets meer over te zeggen heeft: “EPZ heeft mij per brief van 10 februari jl. meegedeeld dat gebruik gemaakt is van die mogelijkheid tot verlenging van de bestaande overeenkomst met Cogema. Het opwerkingscontract betreft een privaatrechtelijke overeenkomst tussen EPZ en Cogema,” antwoord Van Geel op 2 maart 2004 op kamervragen. Dit betekent ook dat er geen gegevens meer komen over Pu-productie en wat er mee gebeurt, als de EPZ dat niet wil..De verlenging van het bestaande contract met Cogema is volgens EPZ “tot ver in het volgende decennium“ (later blijkt 2015). Men besluit tot opwerken omdat “alle aanwezige middelen afgestemd zijn op opwerking”: dat betekent dat het gebouw voor hoogradioactief afval (HABOG) bij de Covra alleen geschikt is voor opwerkingsafval. Greenpeace vindt het een ‘rampzalig’ besluit en ook in strijdt met internationale afspraken (OSPAR) om opwerking te stoppen (België, Duitsland, Spanje, Zwitserland en Zweden hebben dat ondertussen besloten).
Op 1 juli neemt de Kamer een motie aan waarin de minister wordt gevraagd het onmogelijk te maken dat in de toekomst een opwerkingscontract afgesloten kan worden zonder dat de politiek zich daar over uit kan spreken. Dit zal in de Randvoorwaarden en de Kernenergiewet geregeld moeten worden.