De eerste fase van de bouw van de Covra in Borssele is afgerond: de bouw van het kantoor- en voorlichtingscomplex, afvalverwerkingsgebouw en drie opslagloodsen voor laag- en middenactief afval, elk met een capaciteit van 7000m3 in vaten verpakt afval. Vanaf nu gaat dan ook al het laag- en middelactief van ongeveer 300 klanten rechtstreeks naar de Covra. Tot nu toe ging het onverwerkt afval eerst nog naar de Covra-vestiging op het ECN-terrein. In april ’93 wordt het laatste daar opgeslagen afval naar Borssele vervoerd, waarna die vestiging langzamerhand ontmanteld wordt.
Fase twee is de bouw van twee gebouwen voor de opslag van hoogradioactief afval en het kernsplijtingsafval dat terugkomt van de opwerkingsfabrieken. De eerste fase heeft ongeveer f 100 miljoen gekost en de prijs voor opslag van een 100-liter vat ligt tussen de 1000 en 1500 gulden. Daar zitten dan ook de (onbekende) kosten van de (onbekende) eindopslag in.
Vanaf januari ’93 begint naar verwachting de verwerking (persen en versnijden), het schoonmaken van vloeistoffen en de verbranding van kadavers en vloeistoffen op het complex. Dan moet de vestiging ook officieel geopend worden, maar dat zal vertraagd en uitgesteld worden tot eind ’93. De HABOG (de bunker voor hoog-actief afval) kan naar verwachting 1998 in gebruik worden genomen.

“Begin dit jaar werd duidelijk dat niet langer gerekend mag worden op afvoer van de gebruikte splijtstofelementen van de onderzoeks-reactoren in ons land naar de VS”, zegt minister De Boer (VROM) en daarom is er door de eigenaar van de HFR een vergunning aangevraagd voor de opslag van hoogradioactieve splijtstof (in transportcontainers) in gebouwen van de Covra voor laag- en middenactief afval. De minister weet nog niet of dat acceptabel is: “een oordeel is pas mogelijk als alle elementen die vereist zijn voor de beoordeling (…) beschikbaar zijn.“ Covra zit in financiële problemen door minder afval dan begroot. Op 15 augustus is er een vergunning aangevraagd voor de bouw van een bunker voor de opslag van hoogradioactief afval (de HABOG). Met de bouw is ongeveer 275 miljoen gulden gemoeid.

Het ‘plan van aanpak’ (dat nu ‘businessplan’ heet) dat de Covra in mei 1995 publiceert om uit de bestuurlijke en financiële problemen te komen komt met een simpele oplossing: het ministerie van VROM moet de komende 10 jaar nog eens 30 miljoen gulden (€13,6m) in de Covra stoppen. Volgens de directie is alleen op deze wijze een debacle te vermijden, “want de verliezen blijven de komende jaren groot.“
Als reactie zet VROM de 10 miljoen gulden (€4,5m) lening die het bedrijf eind 1994 kreeg om in een exploitatiesubsidie en dat is nodig om de verliezen over '94/'95 te dekken. In december '96 wordt bekend dat de ministeries van VROM en EZ in totaal 50 miljoen gulden gaan betalen om het bedrijf gezond te maken. Er is jaarlijks ongeveer een verlies van 6 miljoen gulden. De directeur noemt het “wel riant“ dat het Rijk bij wil springen. Steeds weer wordt genoemd dat de “stagnerende uitbreiding van kernenergie in Nederland" een reden van de verliezen is. Maar met deze injectie, zegt Covra, moet het wel lukken.

Wijers (Min. EZ) stuurt een door de ECN geschreven rapport en notitie over opwerking naar de Kamer. Hij stelt daarin dat doorgaan met opwerken de beste optie is, of eigenlijk: dat de regering geen zwaarwegende redenen ziet met opwerking te stoppen. Achterliggende reden is dat men ooit voor opwerking heeft gekozen (nou ja, de eigenaars van de centrales). Die contracten lopen door en gaat men over op directe opslag, dan heeft men een ander soort gebouw nodig dan men aan het bouwen is (HABOG). Zo stelt de minister Wijers: “Wijziging van beleid heeft ook consequenties voor Covra. Er moet een nieuw ontwerp voor een opslaggebouw gemaakt worden, want de huidige locatie is niet geschikt.“ Wijers zegt dat het zijn bedoeling is in te stemmen met het vergroten van het contract tussen GKN en BNFL, zodat het laatste restant brandstof van Dodewaard daar onder valt. De TU Eindhoven heeft veel commentaar op het ECN-rapport. Weer volgen er in februari/maart 1998 verhitte discussies in de Kamer, maar er verandert niets.