Door een enkele alinea in het in november 2009 uitgegeven boek van oud-ECN-directeur Frans Saris (‘Darwin meets Einstein’) krijgt een melding in het Storingsoverzicht van de Kernfysische Dienst over 2001 een heel andere impact. Saris schrijft:
"The nuclear reactor is a research reactor, not a power reactor; it needs electricity to operate, for instance to pump cooling water. The reactor has a back-up cooling system to prevent meltdown of the core in case of a power failure. But this evening the back-up cooling system failed to come into action and the operators did not know what to do. There is an extra safety system by convection cooling for which the operators had to open a valve, but the control room was dark. When they reached for a torch that should have been there, it had been taken away by a colleague to work under his car. Trying their luck the operators put the valve of the convection cooling in what they thought was the 'open' position. But then the lights came back on and the operators discovered they had actually closed the back-up convection cooling system. Had the power failure lasted longer it would have meant meltdown and a major disaster. When I learned about this some months later - they thought they could keep it secret - I did not think I could take responsibility any longer and I resigned from the ECN."
De onthulling krijgt relatief weinig aandacht en de oud-directeur wordt weggezet als een querulant, die de interne richtingenstrijd binnen ECN ('duurzaam of kernenergie') verloor en daarom wraak zoekt.

In 2002 hebben zich in de Nederlandse nucleaire installaties 19 storingen voorgedaan: 10 in Borssele en 9 storingen geweest bij de Dodewaard, ECN, HFR, Covra, HOR Delft en Urenco. Dit blijkt uit het jaarlijkse overzicht over de storingen in de kerncentrales in 2002 dat de Kernfysische Dienst publiceert op 23 september 2003.

Euratom, de eigenaar van de HFR in Petten, is door de regering behoed van strafvervolging voor het op grote schaal overtreden van milieuwetgeving. Dit blijkt uit interne documenten van het Ministerie van Justitie waarover De Volkskrant publiceert. Na een grootscheepse politie-inval in Petten in september 2003 werd er gesproken over 'Oost-Europese' toestanden met betrekking tot naleving van de wetgeving. Het OM wil Euratom graag vervolgen, maar Euratom is een onderdeel van de Europese Commissie en Buitenlandse Zaken vreest een diplomatiek conflict. Het OM is gedwongen de strafzaak tegen Euratom te laten vallen, nadat minister Bot (BuZa) persoonlijk verklaarde dat Euratom ('net als ambassadeurs') over immuniteit beschikt en niet strafrechtelijk vervolgd kan worden.
Drie andere bedrijven op het terrein (ECN zelf, NRG en Mallinkcrodt) zullen wel aangeklaagd worden, maar gaan zich beroepen op het gelijkheidsbeginsel, waardoor een aantal aanklachten ws. zullen vervallen meldt de krant. Het OM spreekt nu van een 'vrijplaats' en van een schandaal dat Euratom in Nederland niet vervolgd kan worden.
Een paar dagen later doet Greenpeace aangifte tegen Euratom en wil vervolging: “Ook Euratom moet zich aan de Nederlandse milieuregels houden, en wanneer dat niet gebeurt moet ook Euratom daarvoor worden gestraft,” schrijft ze in haar persbericht. “Structurele verbeteringen zijn alleen mogelijk door alle bedrijven direct verantwoordelijk te stellen voor milieuovertredingen.“

Drie bedrijven in Petten (Mallinckrodt, ECN en NRG) zijn door de rechtbank in Alkmaar veroordeeld tot een boete van 25.000 euro wegens een groot aantal milieu overtredingen. Zo bleken bij in inval in september 2003 gevaarlijke stoffen, waaronder ook radioactief materiaal, onveilig opgeslagen, waren er opslagruimtes zonder vloeistofdichte vloer, ruimtes met gevaarlijke stoffen die vrij toegankelijk waren en chemicaliën die niet gescheiden werden bewaard. Er was 1 miljoen euro boete geëist, waarvan de helft voorwaardelijk. Onder andere de negatieve publiciteit rond de affaire was voor de rechtbank een reden tot strafverlaging.