“Begin dit jaar werd duidelijk dat niet langer gerekend mag worden op afvoer van de gebruikte splijtstofelementen van de onderzoeks-reactoren in ons land naar de VS”, zegt minister De Boer (VROM) en daarom is er door de eigenaar van de HFR een vergunning aangevraagd voor de opslag van hoogradioactieve splijtstof (in transportcontainers) in gebouwen van de Covra voor laag- en middenactief afval. De minister weet nog niet of dat acceptabel is: “een oordeel is pas mogelijk als alle elementen die vereist zijn voor de beoordeling (…) beschikbaar zijn.“ Covra zit in financiële problemen door minder afval dan begroot. Op 15 augustus is er een vergunning aangevraagd voor de bouw van een bunker voor de opslag van hoogradioactief afval (de HABOG). Met de bouw is ongeveer 275 miljoen gulden gemoeid.

De Raad van State beslist dat hoogradioactief afval uit de HFR tijdelijk opgeslagen mag worden in de gebouwen voor laag- en middenradioactief afval bij de Covra. De Raad van State vindt dat de klagers, w.o. Greenpeace, onvoldoende aan hebben kunnen tonen dat de opslag niet kan.

Greenpeace wees er op dat de MTR-2 containers die gebruikt gaan worden, niet in de VS gecertificeerd zijn. De 400 splijtstofelementen zullen in fases van Petten naar Vlissingen-Oost vervoerd gaan worden. Wanneer Greenpeace in beroep gaat tegen de transportvergunning zegt de landsadvocaat op de zitting eind april dat conversie naar laagverrijkt uranium niets meer uit zal maken: het afval moet hier in Nederland opgeslagen worden. Ook Europa (Euratom) wil dat het afval hier blijft: het heeft namelijk een contract met de Covra afgesloten ter waarde van 90 miljoen gulden. En Covra heeft al met een schadeclaim gedreigd. Minister Pronk stelt het afgeven van de transport-vergunning uit tot oktober, maar zegt dat de HFR in elk geval niet gesloten zal worden, hoewel hij eerder verklaard heeft dat de reactor in juli echt gesloten wordt als er dan geen oplossing is. Hij geeft toestemming splijtstofelementen tijdelijk op te slaan in transportcontainers in het HFR-gebouw. Drie-kwart van de Zeeuwen is tegen de opslag.

Door een vormfout vernietigt de Raad van State opnieuw de vergunning die minister Pronk (VROM) in december 1999 heeft afgegeven voor het transport van de splijtstof uit de in 1997 stilgelegde kerncentrale Dodewaard (naar de opwerkingsfabriek in Sellafield) en de HFR. Greenpeace die beroep had aangetekend tegen de vergunning, reageert verheugd; over de Dodewaard splijtstof zegt ze: “het lijkt erop dat de minst slechte oplossing –het afval opslaan in een bunker in Borssele- steeds dichterbij komt. Die bunker is in 2003 klaar.” Pronk reageert als de vermoorde onschuld. Hij luidt de noodklok en geeft binnen een week (op 12 juli) voor de HFR een nieuwe transportvergunning af voor het transport naar de Covra die direct van kracht gaat, omdat naar hij verwacht de reactor anders binnenkort moet sluiten wegens gebrek aan opslagruimte en de reactor volgens hem essentieel is voor de productie van medische isotopen. Milieuorganisaties reageren furieus en zeggen dat er alleen maar een commercieel belang is: bedrijven staan in de rij om die productie over te nemen. Medische isotopen die overigens ook op een alternatieve manier geproduceerd kunnen worden, zie factsheet laka.

Na ruim een half jaar stil gelegen te hebben, wordt de HFR weer opgestart. Weliswaar zonder de reparatie die nodig is om het gasbellen-probleem in het primaire koelsysteem op te lossen, want dat gaat namelijk te lang duren. Omdat een aantal andere productiereactoren voor medische isotopen deze maand stil gelegd worden voor onderhoud, moet volgens exploitant NRG en ook de (zeven!) verantwoordelijke ministers de HFR weer opgestart worden. Hoewel de reactor "niet voldoet aan de vigerende Kernenergiewetvergunning" omdat "de integriteit van het primaire systeem wordt bedreigd" wordt hiervoor een beschikking afgegeven.
De toestemming tot herstart is geldig tot 1 maart 2010 en er zijn voorwaarden aan verbonden. In de beschikking staat dat als er zich "ontwikkelingen ten aanzien van vraag en aanbod op de wereldmarkt voor medische isotopen voordoen waardoor het bedrijf van de HFR minder noodzakelijk is", de vergunninghouder dat onmiddellijk moet melden. Of de reactor dan weer uit bedrijf gaat is niet duidelijk.
In 2010 zal dan de reparatie, waarbij het beton waar de leidingen inzitten weggehakt moet worden, plaatsvinden.