Nadat op 26 juni bekend is gemaakt dat de IRI op 4 maart 1980 een vergunningsaanvraag heeft gedaan voor het vernieuwen van het regelinstrumentarium en het bouwen van een regelkamer buiten de reactorhal van de HOR, vergeet de gemeente Delft vervolgens te publiceren dat er de mogelijkheid bestaat bezwaar aan te tekenen. De Haagse Stroomgroep gaat in beroep en vindt de f 6 miljoen die met de bouw gemoeid zijn niet in verhouding staan tot de uitgaven “die worden gedaan voor onderzoek naar duurzame en milieuveilige energievormen". De bezwaren worden afgewezen of niet-ontvankelijk verklaard en de vergunning wordt door de betrokken ministeries afgegeven per 31 december 1980. Er wordt nog wel in beroep gegaan bij de Raad van State, maar aangezien dat geen schorsende werking heeft, kan de IRI beginnen met de (ver-)bouw.

Al in het wetenschapsbudget 1980 wordt een evaluatie aangekondigd van de HFR “zowel voor het onderzoek in Euratom verband als voor het Nederlandse minimumprogramma“ en die “moet nu tevens gezien worden in het licht van de herprogrammering van het Nederlandse energieonderzoek.“ Nederland wil eigenlijk wel een minder grote bijdrage leveren en even ontstond zelfs de idee dat de HFR wel eens gesloten kan gaan worden. Uit de evaluatie die de ministers van EZ en Wetenschapsbeleid nu publiceren, blijkt dat Nederland maar 33% van de reactorcapaciteit bezet (Duitsland 45 %) en f 17,5 miljoen betaald (aan wat dan het aanvullend Euratom-programma heet) voor energieonderzoek. Maar 79% van het Nederlandse HFR-onderzoek gaat naar kweekreactoronderzoek, 15% naar veiligheidsonderzoek kerncentrales en 6% materiaalonderzoek voor fusiereactoren “De vraag is gerechtvaardigd of een dergelijk aandeel van het energie-onderzoek binnen een budget van f 17,5 mln. bestemd voor ‘energieonderzoek’ niet een heroverweging van dat budget nodig maakt”, schrijven de ministers. Interessant is ook dat ze schrijven dat de productie van medische isotopen het “minst problematische is.“ Het aandeel hiervan in het Nederlandse HFR-gebruik (van 7%) “is meer een gevolg van de aanwezigheid van de reactor dan een reden voor zijn bestaan.“

De KEMA krijgt een vergunning voor (o.a.) de ontmanteling van de in 1977 stilgelegde KSTR. Hoewel de KEMA aandrong op een snelle afgifte ("nu werken er nog mensen die weten hoe die in elkaar zit") geven ze nu aan niet snel te beginnen met de afbraak omdat de kosten (geschat op f 10 miljoen) nu niet op te brengen zijn. Het vreemde (hoewel bij de KSTR alles mogelijk blijkt) is dat de splijtstof (en mogelijk onderdelen van de reactor) al december 1979 in het geheim vanaf militaire vliegbasis Deelen naar Oak Ridge in de VS is vervoert.
Deze Kernenergiewet-vergunning is eigenlijk de eerste vergunning die de KEMA krijgt voor “voorhanden hebben van splijtstoffen en radioactieve stoffen”, nadat alle vergunningen in 1978 zijn vernietigd door de Kroon. Feitelijk betekend dat dat de KEMA al zo’n 30 jaar of illegaal kernonderzoek doet, of gedoogd wordt.

De HFR gaat, met het nieuwe reactorvat, weer in bedrijf, na bijna 1,5 jaar buiten gebruik te zijn geweest. Dit kleiner vat maakt meer experimenten mogelijk en er kan een hoger vermogen worden bereikt. De HFR werd in november ‘83 stilgelegd voor de vervanging van het 21 jaar oude aluminium reactorvat. Het vat was bros geworden door jarenlang door hoge flux neutronen te zijn bestraald en de kans op een lek werd daarmee steeds groter. Het nieuwe vat (eigenlijk al het derde) wordt gebouwd door De Schelde, met GCO als opdrachtgever. De installatie ervan begon in juli 1984.