In de nacht van 26 op 27 november vindt er opnieuw en ongeluk plaats in de HFR. Pas veel later wordt bekend dat er zich om 2 minuten over half een een explosie voordoet, gevolgd door een drukgolf die in het hele reactorgebouw te voelen is. Twee capsules TeO2 (telluriuimoxide) exploderen. Er scheurt een buis volledig open. Een rek en twee experimenten worden volledig vernield. Conform de veiligheidsspecificaties schakelt de reactor zich automatisch uit, maar na uitsluitend een summiere visuele inspectie van het reactorvat 11 minuten later al weer opgestart. Het incident wordt ook niet gemeld aan de Kernfysische Dienst uit vrees voor een startverbod, de KFD komt er na verloop van tijd zelf achter. Mede naar aanleiding hiervan komt er later een meldingsplicht voor dergelijke incidenten. Volgens het Noordhollands Dagblad op 1 februari 2002 komt er “weinig radioactiviteit vrij". In 2002 wordt een scheur in het reactorvat in verband gebracht met deze explosie maar blijkt toch een “historische” lasfout te zijn die er vanaf het begin al zit.

Door een vormfout vernietigt de Raad van State opnieuw de vergunning die minister Pronk (VROM) in december 1999 heeft afgegeven voor het transport van de splijtstof uit de in 1997 stilgelegde kerncentrale Dodewaard (naar de opwerkingsfabriek in Sellafield) en de HFR. Greenpeace die beroep had aangetekend tegen de vergunning, reageert verheugd; over de Dodewaard splijtstof zegt ze: “het lijkt erop dat de minst slechte oplossing –het afval opslaan in een bunker in Borssele- steeds dichterbij komt. Die bunker is in 2003 klaar.” Pronk reageert als de vermoorde onschuld. Hij luidt de noodklok en geeft binnen een week (op 12 juli) voor de HFR een nieuwe transportvergunning af voor het transport naar de Covra die direct van kracht gaat, omdat naar hij verwacht de reactor anders binnenkort moet sluiten wegens gebrek aan opslagruimte en de reactor volgens hem essentieel is voor de productie van medische isotopen. Milieuorganisaties reageren furieus en zeggen dat er alleen maar een commercieel belang is: bedrijven staan in de rij om die productie over te nemen. Medische isotopen die overigens ook op een alternatieve manier geproduceerd kunnen worden, zie factsheet laka.

Een werkgroep bestaande uit verschillende ministeries (VWS, VROM, EZ), de Inspectie Gezondheidszorg en de Vereniging Nucleaire Geneeskunde, adviseert aan staatssecretaris Van Geel van Milieu, dat er over 10 jaar een nieuwe reactor in Petten moet staan. Dan is de “levensduur van de HFR voltooid“ en het is niet gewenst dat ziekenhuizen afhankelijk worden van leveringen uit Canada of Zuid-Afrika (de andere producenten van medische isotopen). Critici vinden dat voor deze “commerciële belangen“ er geen nieuwe reactor moet komen en, omdat de veiligheid niet gewaarborgd kan worden, de HFR ook meteen dicht moet.
VROM: Medische isotopen en de Hoge Flux Reactor in Petten [pdf]

Na ruim een half jaar stil gelegen te hebben, wordt de HFR weer opgestart. Weliswaar zonder de reparatie die nodig is om het gasbellen-probleem in het primaire koelsysteem op te lossen, want dat gaat namelijk te lang duren. Omdat een aantal andere productiereactoren voor medische isotopen deze maand stil gelegd worden voor onderhoud, moet volgens exploitant NRG en ook de (zeven!) verantwoordelijke ministers de HFR weer opgestart worden. Hoewel de reactor "niet voldoet aan de vigerende Kernenergiewetvergunning" omdat "de integriteit van het primaire systeem wordt bedreigd" wordt hiervoor een beschikking afgegeven.
De toestemming tot herstart is geldig tot 1 maart 2010 en er zijn voorwaarden aan verbonden. In de beschikking staat dat als er zich "ontwikkelingen ten aanzien van vraag en aanbod op de wereldmarkt voor medische isotopen voordoen waardoor het bedrijf van de HFR minder noodzakelijk is", de vergunninghouder dat onmiddellijk moet melden. Of de reactor dan weer uit bedrijf gaat is niet duidelijk.
In 2010 zal dan de reparatie, waarbij het beton waar de leidingen inzitten weggehakt moet worden, plaatsvinden.