Nadat eind december ‘98 transporten naar de opwerkingsfabrieken weer zijn toegestaan, vraagt Dodewaard (eigenlijk vervoerder BNFL) onmiddellijk een vergunning aan voor transport via een Nederlandse haven. Minister Pronk maakt in februari 1999 al duidelijk dat er wat hem betreft geen haast is bij het afgeven van de vergunning, maar geeft op 21 juli toch een vergunning af. De bestraalde splijtstof zal in de haven van Vlissingen worden overgeslagen op een schip dat het naar Sellafield zal brengen. Maar op 29 november vernietigd de Raad van State de transportvergunning naar Sellafield, en ook die van de HFR-brandstof naar de COVRA.

Nadat in eerste instantie minister De Boer (VROM) ontkent dat er ook sprake is van verhoogde straling op transportcontainers afkomstig uit Nederland, blijkt toch het tegendeel. Vervolgens verbiedt ze alle transporten met Nederlands kernafval naar de opwerkingsfabrieken in Sellafield en La Hague, totdat maatregelen zijn getroffen om de transporten beter te controleren. Uit onderzoek blijkt dat in 1993 bij 1 container uit Borssele en in 1995 bij 2 containers uit Dodewaard een verhoging boven de toelaatbare norm is geconstateerd. Volgens de minister hebben Dodewaard en Borssele haar onvoldoende geïnformeerd over de besmettingen en ze vindt dat een “ernstig gebrek.“ Als de minister de kerncentrales verplicht een lijst op te stellen van de incidenten, blijkt dat er in Borssele maar liefst 10 keer een besmetting heeft plaats gevonden in de afgelopen 10 jaar. Er komt een plicht voor de exploitanten om metingen boven de wettelijk toegestane norm te melden en de nieuwe VROM-minister Pronk staat eind december de transporten weer toe.

In 1997 hebben zich in de Nederlandse kerncentrales 24 storingen voorgedaan: 15 in Borssele, 9 in Dodewaard. Verder zijn er ook storingen geweest bij de ECN en Covra (beide 1). Dit blijkt uit het jaarlijkse overzicht over de storingen in de kerncentrales in 1997 van de Kernfysische Dienst publiceert in juli 1998.

Greenpeace brengt 250 gram sediment en 150 milliliter water aan land bij de kerncentrale Borssele. Het is precies het aandeel dat Borssele heeft in de monsters die Greenpeace naar boven heeft gehaald bij de opwerkingsfabriek in La Hague. Volgens de Nederlandse wetgeving is de radioactiviteit zo hoog dat het radioactief afval is. VROM weigert eerst de boot vanuit Scheveningen te laten vertrekken met het radioactief afval aan boord, maar haalt bakzeil als Greenpeace voet bij stuk houdt: het wil het terugbrengen naar de rechtmatige eigenaren; de kerncentrales. Uiteindelijk geeft VROM Covra de opdracht het afval in ontvangst te nemen en op te slaan. Opwerking staat al lang ter discussie, vooral door de radioactieve lozingen en ook omdat het onnodig is: er is geen markt voor het plutonium. Ook is volgens Greenpeace directe opslag goedkoper dan eerst opwerking en dan opslaan.