Door een vormfout vernietigt de Raad van State opnieuw de vergunning die minister Pronk (VROM) in december 1999 heeft afgegeven voor het transport van de splijtstof uit de in 1997 stilgelegde kerncentrale Dodewaard (naar de opwerkingsfabriek in Sellafield) en de HFR. Greenpeace die beroep had aangetekend tegen de vergunning, reageert verheugd; over de Dodewaard splijtstof zegt ze: “het lijkt erop dat de minst slechte oplossing –het afval opslaan in een bunker in Borssele- steeds dichterbij komt. Die bunker is in 2003 klaar.” Pronk reageert als de vermoorde onschuld. Hij luidt de noodklok en geeft binnen een week (op 12 juli) voor de HFR een nieuwe transportvergunning af voor het transport naar de Covra die direct van kracht gaat, omdat naar hij verwacht de reactor anders binnenkort moet sluiten wegens gebrek aan opslagruimte en de reactor volgens hem essentieel is voor de productie van medische isotopen. Milieuorganisaties reageren furieus en zeggen dat er alleen maar een commercieel belang is: bedrijven staan in de rij om die productie over te nemen. Medische isotopen die overigens ook op een alternatieve manier geproduceerd kunnen worden, zie factsheet laka.

In 2000 hebben zich in de Nederlandse nucleaire installaties 23 storingen voorgedaan: 12 in Borssele, 4 in de reeds gesloten Dodewaard-centrale. Verder zijn er 7 storingen geweest bij de ECN, HFR, Covra, HOR Delft en Urenco. Dit blijkt uit het jaarlijkse overzicht over de storingen in de kerncentrales in 2000 dat de Kernfysische Dienst publiceert op 12 juni 2001.

De Staat der Nederland is 100 % aandeelhouder geworden in de Covra N.V.. Op 15 april is de overeenkomst getekend met de drie voormalige aandeelhouders; de EPZ (eigenaar van de kernenergiecentrale Borssele), met de GKN (eigenaar van de gesloten kernenergiecentrale Dodewaard), en met het Energieonderzoek Centrum Nederland. Met de overdracht kopen EPZ voor 45 miljoen euro en GKN voor 11 miljoen euro alle kosten af die moeten worden gemaakt voor de opslag van hun hoog radioactief afval nu en in de toekomst. ECN zal de verplichtingen op jaarbasis voldoen. Al in 1996 is de Kamer op de hoogte gesteld van dit voornemen. Er is langer over onderhandeld dan gepland (de intentieverklaring is al in december 2000 getekend), vooral over de zekerheden dat het risico voor Covra en Staat gering is. In 1998 zegt de Covra-directeur dat, nu de bedrijven zich commerciëler op moeten stellen, het logisch is dat ze van de Covra-aandelen afwillen: dan “raken ze een risico kwijt.” Volgens de minister is ook “de geringe rol die kernenergie zal spelen bij de toekomstige elektriciteitsproductie“ een reden. Er ligt een door de Kamer in 2000 overgenomen advies dat de kerncentrales na sluiting aan de Covra moeten worden overgedragen.

Koningin Beatrix opent de opslag faciliteit voor hoogradioactief afval, de HABOG op het terrein van de Covra in Borssele. Het opvallend oranje geschilderd gebouw (met E=MC₂ op de zijkant) is bedoeld voor de opslag van het afval dat terug komt van de opwerkingsfabrieken waar Borssele en Dodewaard hun splijtstof laten opwerken. Ook de brandstof uit de IRI en HFR zal er opgeslagen worden.

Milieuorganisaties vragen aan de koningin niet te komen en vinden dat er geen reden voor een feestje is: een opslag voor 100 jaar van afval dat 240.000 gevaarlijk blijft kan moeilijk als ‘oplossing’ gezien worden. Verder is het gebouw nu al te klein nu besloten is dat Borssele tot 2013 open blijft, kan er alleen maar opgewerkt afval opgeslagen worden en is juist opwerking enorm vervuilend, en, niet onbelangrijk, wat gebeurt er na die 100 jaar? Ook is er geen opslagmogelijkheid voor het bij de opwerking afgescheiden plutonium.

Eind november komt het eerste transport met hoogactief afval aan van de HFR uit Petten en in mei 2004 wordt het afval dat 4 jaar lang in de loods voor laag- middenactief afval verplaatst naar de HABOG.