De Raad van State heeft op 19 maart besloten dat de Covra mag beginnen met de bouw van de opslagplaats. Een verzoek om de bouwvergunning te schorsen wordt afgewezen. Er kan nog wel een bodemprocedure worden gestart maar in het geval de vergunning dan vernietigd wordt heeft de Covra laten weten dat risico te nemen en de kapitaalvernietiging te dragen. Op maandag 7 mei gaat de bouw echt beginnen. Het terrein waar de Covra-opslag gebouwd moet worden is omheind. Vanaf vrijdagmiddag wordt er geprobeerd het terrein te bezetten, maar door een overmacht aan politie is dat onmogelijk. Wel wordt een tentenkamp getolereerd buiten de hekken van de Covra. Maandagmorgen wordt om zes uur met een blokkade begonnen van het bouwverkeer. Dat verkeer wordt door de politie op een afstand gehouden en om half acht vertrekken de actievoerders naar Middelburg om het Covra-kantoor daar te blokkeren. In december blijkt dat nog steeds 81,6% van de inwoners van de dorpskernen Borssele, ’s Heerenhoek en Nieuwdorp tegen de Covra-vestiging te zijn. Uiteindelijk besluit de Raad van State in de bodemprocedure in augustus 1992, als de Covra al 7 maanden in bedrijf is, dat de vergunningen niet vernietigd worden.

De eerste fase van de bouw van de Covra in Borssele is afgerond: de bouw van het kantoor- en voorlichtingscomplex, afvalverwerkingsgebouw en drie opslagloodsen voor laag- en middenactief afval, elk met een capaciteit van 7000m3 in vaten verpakt afval. Vanaf nu gaat dan ook al het laag- en middelactief van ongeveer 300 klanten rechtstreeks naar de Covra. Tot nu toe ging het onverwerkt afval eerst nog naar de Covra-vestiging op het ECN-terrein. In april ’93 wordt het laatste daar opgeslagen afval naar Borssele vervoerd, waarna die vestiging langzamerhand ontmanteld wordt.
Fase twee is de bouw van twee gebouwen voor de opslag van hoogradioactief afval en het kernsplijtingsafval dat terugkomt van de opwerkingsfabrieken. De eerste fase heeft ongeveer f 100 miljoen gekost en de prijs voor opslag van een 100-liter vat ligt tussen de 1000 en 1500 gulden. Daar zitten dan ook de (onbekende) kosten van de (onbekende) eindopslag in.
Vanaf januari ’93 begint naar verwachting de verwerking (persen en versnijden), het schoonmaken van vloeistoffen en de verbranding van kadavers en vloeistoffen op het complex. Dan moet de vestiging ook officieel geopend worden, maar dat zal vertraagd en uitgesteld worden tot eind ’93. De HABOG (de bunker voor hoog-actief afval) kan naar verwachting 1998 in gebruik worden genomen.

“Begin dit jaar werd duidelijk dat niet langer gerekend mag worden op afvoer van de gebruikte splijtstofelementen van de onderzoeks-reactoren in ons land naar de VS”, zegt minister De Boer (VROM) en daarom is er door de eigenaar van de HFR een vergunning aangevraagd voor de opslag van hoogradioactieve splijtstof (in transportcontainers) in gebouwen van de Covra voor laag- en middenactief afval. De minister weet nog niet of dat acceptabel is: “een oordeel is pas mogelijk als alle elementen die vereist zijn voor de beoordeling (…) beschikbaar zijn.“ Covra zit in financiële problemen door minder afval dan begroot. Op 15 augustus is er een vergunning aangevraagd voor de bouw van een bunker voor de opslag van hoogradioactief afval (de HABOG). Met de bouw is ongeveer 275 miljoen gulden gemoeid.

Het ‘plan van aanpak’ (dat nu ‘businessplan’ heet) dat de Covra in mei 1995 publiceert om uit de bestuurlijke en financiële problemen te komen komt met een simpele oplossing: het ministerie van VROM moet de komende 10 jaar nog eens 30 miljoen gulden (€13,6m) in de Covra stoppen. Volgens de directie is alleen op deze wijze een debacle te vermijden, “want de verliezen blijven de komende jaren groot.“
Als reactie zet VROM de 10 miljoen gulden (€4,5m) lening die het bedrijf eind 1994 kreeg om in een exploitatiesubsidie en dat is nodig om de verliezen over '94/'95 te dekken. In december '96 wordt bekend dat de ministeries van VROM en EZ in totaal 50 miljoen gulden gaan betalen om het bedrijf gezond te maken. Er is jaarlijks ongeveer een verlies van 6 miljoen gulden. De directeur noemt het “wel riant“ dat het Rijk bij wil springen. Steeds weer wordt genoemd dat de “stagnerende uitbreiding van kernenergie in Nederland" een reden van de verliezen is. Maar met deze injectie, zegt Covra, moet het wel lukken.