Een maand nadat het kabinet heeft laten weten dat het niet zal zorgen voor vervangend werk voor banenverlies door de sluiting van Borssele, omdat Zeeland sterk genoeg is dat zelf op te vangen, vernietigt de Raad van State de wijziging van de vergunning (sluiting op 31-12-2003) van de kerncentrale op procedurele gronden. De Afdeling bestuursrechtspraak stelt dat de intrekking van de vergunning per 31-12-03 door de regering onvoldoende gemotiveerd is. Er gloort hoop voor de voorstanders van kernenergie. De EPZ had zelf geen bezwaar aangetekend, men voelde zich gebonden aan het akkoord met het kabinet, maar inmiddels is er sprake van “voortschrijdend inzicht“ en men voelt er niets voor de centrale te sluiten. De nieuwe elektriciteitswet van 1998 geeft de stroombedrijven beduidend meer macht dan vroeger en heeft de politiek veel zeggenschap ontnomen. Er gelden nu de regels van de Europese markt.
Ministers reageren luchtig: het gaat om een formele afwijzing waar wel een mouw aan te passen zal zijn. Juristen van VROM zijn onmiddellijk aan het werk getogen om, overeenkomstig het kabinetsbeleid, de centrale alsnog buiten bedrijf te kunnen stellen, laten ze weten. De politiek laat in een reactie weten aan sluiting vast te houden, er is nog steeds een kamermeerderheid: PvdA, D66, GroenLinks, RPF en SP. De VVD komt met de verwachting dat de Nederlandse Staat misschien wel een schadeclaim (“die in de miljarden loopt”) te wachten staat als er nu nog tot sluiting per 31-12-03 wordt besloten. EPZ wil al met het Rijk overleggen wat er moet gebeuren met het afval als de centrale langer openblijft, omdat het opwerkingscontract eind 2003 afloopt. Stoppen met opwerken kan een optie zijn, maar wie betaald dan de opslagbunker?

In het Vierde Nationaal Milieubeleidsplan (officieel: 'Een wereld en een wil: werken aan duurzaamheid'),van het kabinet wordt onverkort aan de afbouw van kernenergie vastgehouden. Wel heeft de regering uit laten rekenen dat kernenergie een bijdrage aan CO2 reductie kan leveren, maar wijst op het kernafval en de veiligheid. “Zolang die problemen niet zijn opgelost, kan kernenergie geen bijdrage leveren aan een duurzame energiehuishouding.” Het kabinet houdt ook vast aan de sluiting van Borssele in 2003.

Tot nu toe is de primair verantwoordelijke voor het onderzoek op het gebied van radioactief afval het ministerie van EZ. Dat is “te begrijpen vanuit het historisch gezichtspunt, waarbij Economische Zaken pleitbezorger was van de introductie van nucleair elektriciteitsvermogen.” Maar dat gaat nu veranderen: “Inmiddels kan geconstateerd worden dat Economische Zaken –zeker na de liberalisering van de elektriciteitsmarkt- niet langer een brandstofinzetbeleid voor de elektriciteitsproductiesector kent en daarmee ook niet langer pleitbezorger is voor de inzet van nucleair vermogen. Daarmee is het radioactief afvalbeleid –net als het overige afvalbeleid- er veeleer een geworden dat primair dient te vallen onder de beleidsverantwoordelijkheid van de Minister van Volkshuisvesting, Ruimtelijke Ordening en Milieubeheer.” EZ blijft echter wel primair verantwoordelijk voor het energiebeleid en dus ook voor kernenergie.

Door een enkele alinea in het in november 2009 uitgegeven boek van oud-ECN-directeur Frans Saris (‘Darwin meets Einstein’) krijgt een melding in het Storingsoverzicht van de Kernfysische Dienst over 2001 een heel andere impact. Saris schrijft:
"The nuclear reactor is a research reactor, not a power reactor; it needs electricity to operate, for instance to pump cooling water. The reactor has a back-up cooling system to prevent meltdown of the core in case of a power failure. But this evening the back-up cooling system failed to come into action and the operators did not know what to do. There is an extra safety system by convection cooling for which the operators had to open a valve, but the control room was dark. When they reached for a torch that should have been there, it had been taken away by a colleague to work under his car. Trying their luck the operators put the valve of the convection cooling in what they thought was the 'open' position. But then the lights came back on and the operators discovered they had actually closed the back-up convection cooling system. Had the power failure lasted longer it would have meant meltdown and a major disaster. When I learned about this some months later - they thought they could keep it secret - I did not think I could take responsibility any longer and I resigned from the ECN."
De onthulling krijgt relatief weinig aandacht en de oud-directeur wordt weggezet als een querulant, die de interne richtingenstrijd binnen ECN ('duurzaam of kernenergie') verloor en daarom wraak zoekt.