Om de financiële crisis een beetje het hoofd te bieden heeft de ECN afdeling Nucleair een samenwerkingsverband gesloten met de nucleaire afdeling van de KEMA. De grotendeels complementaire nucleaire expertise van KEMA en ECN wordt samengebracht in de Nuclear Research and Consultancy Group (NRG -op z’n Engels ‘energy’). ECN participeert voor 70% en KEMA voor 30%. Het telt circa 280 medewerkers en heeft vestigingen in Petten en Arnhem. “NRG verwacht zijn positie op de internationale markt te kunnen versterken: een voorwaarde om de kritieke grootte van een aantal nucleaire disciplines – en daarmee de gewenste competentie – voor Nederland te behouden.“ meldt het ECN-jaarverslag over 1998. Na toetsing door de Nederlandse Mededingingsautoriteit en instemming van het Ministerie van EZ vindt de formele oprichting plaats op 1 oktober 1998, direct gevolgd door een strategische oriëntatie op de R&D-koers: “De uitkomst van deze toekomst-verkenning bevestigde dat NRG prioriteit dient te geven aan de ontwikkeling van nieuwe, veilige reactorconcepten, en aan de vermindering en de levensduurverkorting van kernsplijtingsafval.“
NRG gaat het beheer voeren over de HFR de LFR het Hot Cell Lab (HCL), de decontaminatie en waste management faciliteit (DWT) en de productie van medische isotopen.

De ECN houdt weer haar jaarlijkse open-dag. Na jaren van crisis (minder subsidies, inkrimping) klimt het onderzoeksinstituut langzaam uit het financiële dal. Het maakt publiekelijk goede sier met onderzoek naar hernieuwbare energieontwikkeling (wind/zon), maar hoewel steeds op een kleinere schaal, doet het nog steeds onderzoek naar kernenergie. Bij de poort wordt, samen met een antikernergie-ballon, informatie uitgedeeld over de nucleaire projecten van de ECN: de NRG, de HTR, CORA, RAS.

Door een enkele alinea in het in november 2009 uitgegeven boek van oud-ECN-directeur Frans Saris (‘Darwin meets Einstein’) krijgt een melding in het Storingsoverzicht van de Kernfysische Dienst over 2001 een heel andere impact. Saris schrijft:
"The nuclear reactor is a research reactor, not a power reactor; it needs electricity to operate, for instance to pump cooling water. The reactor has a back-up cooling system to prevent meltdown of the core in case of a power failure. But this evening the back-up cooling system failed to come into action and the operators did not know what to do. There is an extra safety system by convection cooling for which the operators had to open a valve, but the control room was dark. When they reached for a torch that should have been there, it had been taken away by a colleague to work under his car. Trying their luck the operators put the valve of the convection cooling in what they thought was the 'open' position. But then the lights came back on and the operators discovered they had actually closed the back-up convection cooling system. Had the power failure lasted longer it would have meant meltdown and a major disaster. When I learned about this some months later - they thought they could keep it secret - I did not think I could take responsibility any longer and I resigned from the ECN."
De onthulling krijgt relatief weinig aandacht en de oud-directeur wordt weggezet als een querulant, die de interne richtingenstrijd binnen ECN ('duurzaam of kernenergie') verloor en daarom wraak zoekt.

In 2002 hebben zich in de Nederlandse nucleaire installaties 19 storingen voorgedaan: 10 in Borssele en 9 storingen geweest bij de Dodewaard, ECN, HFR, Covra, HOR Delft en Urenco. Dit blijkt uit het jaarlijkse overzicht over de storingen in de kerncentrales in 2002 dat de Kernfysische Dienst publiceert op 23 september 2003.