Nadat in 1988 al een discussie is gevoerd of de reactor niet beter voorgoed stilgelegd zou kunnen worden, maar toch in april 1989 (na twee jaar stil gelegen te hebben) weer opgestart is, wordt nu definitief besloten de Superphenix in het Zuid-Franse Malville te ontmantelen. In juni ‘92, als de reactor al weer sinds juli 1990 stil ligt, wordt een vertrouwelijk rapport bekend van het Directoraat van de Veiligheid van Nucleaire Installaties, waarin staat dat ze het onmogelijk acht de reactor “conform de strikte veiligheidsregels“ weer in bedrijf te nemen. De reactor die in 1985 in bedrijf ging heeft dan precies 174 dagen op vol vermogen gedraaid. In september ’94 wordt Superphenix als onderzoeksreactor en als plutonium-verbrander in plaats van –kweker, weer opgestart. Op 19 juni 1998 beslist het nieuwe Franse kabinet tot definitieve stillegging in plaats van zoals gepland in 2020. Begin 1998 wordt dat beleidsvoornemen bevestigd. De reactor heeft dan in totaal het equivalent van 278 dagen op vol vermogen gedraaid in die 12 jaar! De kosten van ontmanteling worden in 2004 op 880 miljoen euro geraamd. Daar komt dan nog 580 miljoen euro bij voor “post-operational costs.“
In totaal is er ruim 486 kilo Nederlands plutonium (43,2 kg van GKN en 443,1 kg van PZEM –dus veel meer dan de in december 1984 genoemde 240 kg) naar toe gegaan.
Nederland (in de vorm van de SEP) heeft DM 28,9 miljoen (ruim 30 miljoen gulden) voor investeringskosten betaald, en tussen 1986 en 1990 per jaar FF 54,5 miljoen (18 miljoen gulden) voor exploitatie en rentelasten (1,7%). In de periode 1990-1997 zal ongeveer een zelfde bedrag per jaar uitgegeven zijn, maar ontbreken cijfers.